因台风导致停工，用人单位通常不应克扣工资。以下从不同角度为您详细分析：
法律依据与原则
根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。台风作为不可抗力的自然灾害，导致的停工并非劳动者原因，因此用人单位一般不得扣除劳动者的工资。
不同用工情形分析
标准工时制员工：
- 若企业根据政府相关部门的通知因台风安排放假，这属于非劳动者原因造成的停工，企业应按照劳动合同约定的标准支付工资。例如，小明在标准工时制企业工作，因台风导致企业放假，企业不得扣发小明该日的工资。
计件工资制员工：
- 台风放假期间，由于非员工个人原因导致无法进行生产计件，企业通常也不应扣发工资。可按照当地最低工资标准或劳动合同约定的基本保障工资进行支付。例如，小李是计件工资制工人，因台风放假，企业可按照当地规定的最低工资标准支付其放假期间的工资。
综合工时制和不定时工时制员工：
- 综合工时制：在综合计算周期内，因台风放假导致工作时间减少，但总工作时间未超过法定标准工作时间时，企业不应扣工资。
- 不定时工时制：主要适用于工作时间灵活性较大的员工，如企业高级管理人员。一般情况下，因台风放假不涉及扣工资问题，但需遵循劳动合同约定和企业相关规定，确保公平合理。
公司具体规定与实际情况
- 公司可能因经营需要，在台风期间也要求员工上班。此时，若员工未按要求到岗，可能会被视为旷工，进而可能导致工资被扣。但根据相关规定，如果当职工因气象灾害红色预警造成误工的，用人单位不得作迟到、缺勤处理，不得扣减工资福利。
- 因此，员工应提前了解公司的具体规定，如有疑问应及时咨询人事部门，以避免不必要的误解和纠纷。
特殊情况说明
- 如果三防指挥部要求在应急响应期间全市范围内实行“四停”（停工、停业、停市、停课），用人单位有义务遵守规定。如果用人单位违反政府要求，强令员工出勤上班的，从保障员工生命健康的角度考虑，劳动者本人可以拒绝，此行为不构成旷工，且不应承担旷工的法律后果。
- 如用人单位以员工旷工为由对员工进行处罚，其处罚行为无效；如用人单位以员工旷工为由予以辞职，属于典型的违法辞退，员工可以要求申请支付赔偿金。
建议：
- 员工应密切关注公司通知和规定，确保自身权益不受损害。
- 如遇用人单位违法克扣工资或以旷工为由进行处罚的情况，员工可依法维护自身权益，包括向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
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