危大工程设计费用应由建设单位承担。以下是对此结论的详细分析：

一. 危大工程的设计费用承担问题

1. 建设单位责任：根据《重庆市危险性较大的分部分项工程安全管理实施细则》的相关规定，建设单位在危大工程中承担重要责任。他们应当提供真实、准确、完整的工程地质、水文地质等资料，并办理向勘察、设计、施工、监理等单位的书面移交手续。这表明建设单位是危大工程设计的发起者和资料提供者，因此，他们应当承担设计费用。
2. 设计单位职责：设计单位在危大工程中负责根据工程实际及工程周边环境资料，进行专项设计，并在设计文件中注明涉及危大工程的重点部位和环节。这是设计单位的专业职责，但其工作是基于建设单位提供的资料和委托进行的，因此设计费用应由建设单位支付。

二. 实际操作中的通常做法

• 在实际的工程建设中，设计费用通常是由建设单位支付给设计单位的。这是因为建设单位是项目的投资者和发起者，他们负责整个项目的规划、设计和施工。危大工程作为项目的一部分，其设计费用自然也应由建设单位承担。

综上所述，危大工程的设计费用应由建设单位承担。这是基于建设单位在危大工程中的责任和义务，以及实际操作中的通常做法得出的结论。如有进一步需要，您可以继续咨询我。