双方约定由第三方付款，在符合法律规定的情况下是有效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与合法性
根据《中华人民共和国民法典》第五百二十二条：“当事人约定由债务人向第三人履行债务，债务人未向第三人履行债务或者履行债务不符合约定的，应当向债权人承担违约责任。法律规定或者当事人约定第三人可以直接请求债务人向其履行债务，第三人未在合理期限内明确拒绝，债务人未向第三人履行债务或者履行债务不符合约定的，第三人可以请求债务人承担违约责任；债务人对债权人的抗辩，可以向第三人主张。” 这一条款明确规定了合同双方可以约定由债务人向第三人履行债务，即第三方付款的情形，因此，从法律层面来看，这种约定是合法的。
二、合同相对性与第三方角色
- 合同相对性：尽管合同中约定了由第三方付款，但合同的当事人仍然是债权人和债务人。第三方并非合同的当事人，只是基于合同双方的约定参与到债务履行的过程中。
- 第三方的权利和义务：
- 第三方没有法定的付款义务，其付款是基于合同当事人的约定。
- 若第三方接受付款并未在合理期限内明确拒绝，且债务人未向其履行债务或履行不符合约定，第三方可以请求债务人承担违约责任。
- 同时，债务人对债权人的抗辩也可以向第三人主张。
三、违约责任
- 对债权人的责任：如果债务人未向第三人履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。
- 对第三人的责任：在法律规定或当事人约定的情况下，第三人可以直接请求债务人向其履行债务。若债务人未履行或履行不符合约定，且第三人未在合理期限内明确拒绝，第三人可以请求债务人承担违约责任。
四、合同生效条件
为了使合同中关于第三方付款的约定生效，需要满足以下条件：
- 民事行为能力：行为人必须具有相应的民事行为能力。
- 真实意思表示：合同的意思表示必须真实，不得存在欺诈、胁迫等情形。
- 合法性：合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
五、实践中的注意事项
- 明确约定：合同中应详细列明第三方付款的具体事项，如金额、时间、方式等，以避免后续纠纷。
- 通知第三方：应及时、明确地通知第三方关于付款的事宜，确保其知晓并理解相关安排。
- 审查第三方资质：在约定第三方付款前，应对第三方的资质、信誉进行审查，确保交易的安全性和可靠性。
- 保留证据：在第三方付款过程中，各方应妥善保留相关证据，如付款凭证、通知记录等，以备不时之需。
- 风险防范：针对可能存在的风险，如第三方无法收款或收款后出现问题等，应在合同中约定相应的风险防范措施和违约责任。
举例说明：假设甲与乙签订了一份合同，约定由丙向甲付款。若合同内容合法、双方意思表示真实，且丙未在合理期限内明确拒绝付款，则该约定有效。若丙拒绝付款，甲有权要求乙承担违约责任。
综上所述，双方约定由第三方付款在法律上是允许的，但必须在合同中明确约定相关条款，并确保符合法律规定的条件。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。