在您描述的情境中，即摩托车主负主要责任，对方小车车主负次要责任的情况下，保险公司的赔付是遵循一定原则和流程的。以下是对此问题的详细解答：

一、责任比例与赔付原则

在摩托车主负主要责任、小车车主负次要责任的交通事故中，赔偿通常依据责任比例来进行。一般来说，摩托车主需要承担70%的赔偿责任，而小车车主则承担30%的赔偿责任。这一比例是基于各方的过错程度等因素来划分的，并会体现在最终的赔付金额中。

二、保险公司的赔付范围

保险公司的赔付范围涵盖了因事故导致的直接经济损失，包括但不限于：

1. 医疗费：因事故受伤而产生的医疗费用。
2. 误工费：因事故导致无法工作而产生的收入损失。
3. 护理费：因事故受伤需要护理而产生的费用。
4. 交通费：因处理事故而产生的交通费用。
5. 营养费：因事故受伤需要加强营养而产生的费用。
6. 财产损失：包括摩托车、小车等车辆的维修费用或报废损失。

三、保险公司的具体赔付方式

1. 交强险赔付：

   • 在车主有责任的情况下，交强险对财产损失的赔偿限额是2000元，医疗费用的赔偿限额是18000元，死亡伤残的赔偿限额是180000元。
   • 如果事故导致的损失在交强险的赔偿限额内，那么保险公司将直接按照限额进行赔付。

2. 商业三者险赔付：

   • 商业三者险的赔付比例通常根据保险合同中的约定来确定。在主责的情况下，摩托车主可能需要承担70%的赔偿责任，但具体比例需查看保险条款。
   • 如果事故导致的损失超过了交强险的赔偿限额，那么超出部分将由商业三者险按照约定的比例进行赔付。

四、赔付流程与注意事项

1. 报案与定损：

   • 事故发生后，应及时向保险公司报案，并等待保险公司派员进行现场查勘和定损。
   • 定损时，应提供事故现场照片、车辆维修报价单等相关证据。

2. 提交赔付申请：

   • 在定损完成后，应向保险公司提交赔付申请，并提供相关证据材料，如医疗费用发票、误工证明等。

3. 协商与诉讼：

   • 如果双方对赔付金额有争议，可以先尝试通过协商解决。
   • 如果协商不成，可以向交通管理部门申请调解，或者通过诉讼途径向法院提起诉讼，由法院依法进行判决。

五、具体案例说明

假设事故导致的医疗费用为10万元，车辆维修费用为5000元。那么：

• 交强险将先赔付医疗费用18000元和车辆维修费用2000元。
• 剩余的医疗费用82000元和车辆维修费用3000元，将由商业三者险按照约定的比例（如70%）进行赔付。即摩托车主需要承担的部分将由其商业三者险赔付，而小车车主需要承担的部分则由其保险公司赔付。

六、总结与建议

在摩托车主负主要责任、小车车主负次要责任的交通事故中，保险公司的赔付是遵循责任比例和保险条款来进行的。为了确保自己的权益得到保障，建议您：

1. 及时向保险公司报案并定损。
2. 保留好所有相关证据材料。
3. 在协商或诉讼过程中，积极维护自己的合法权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。