即便盗窃后退赔，司法机关通常仍会追缴非法所得。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律规定角度
根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。这一规定明确了无论犯罪分子是否退赔，其违法所得都应被追缴或责令退赔，以恢复财物的合法状态，保障被害人的合法权益和社会秩序。因此，即使犯罪嫌疑人已经退赔了一部分款项，司法机关仍有权继续追缴剩余的非法所得。
二、退赔与追缴的关系
退赔的性质：犯罪嫌疑人积极退赔，可以体现其悔罪态度，这在量刑时可能会作为从轻处罚的情节予以考虑。然而，退赔并不等同于追缴，它不能替代司法机关对非法所得的追缴责任。
追缴的必要性：追缴非法所得是为了全面保护被害人的合法权益，确保被害人能够恢复受损的财产状况。如果仅因犯罪嫌疑人退赔了一部分款项就停止追缴，那么被害人的损失可能无法得到完全补偿，这也不符合法律的规定和精神。
三、实际操作中的情况
退赔额覆盖非法所得：如果犯罪嫌疑人的退赔额已经完全覆盖了其非法所得，那么司法机关一般不会再额外追缴。但这种情况相对较少，因为犯罪嫌疑人往往难以准确估算其非法所得的具体数额，或者即使估算准确，也可能因各种原因无法全额退赔。
退赔额不足非法所得：如果犯罪嫌疑人的退赔额不足以覆盖其非法所得，那么司法机关会继续追缴剩余部分。例如，在您提到的案例中，小朱入室盗窃小胡财物价值5万元，但仅退赔了3万元。由于退赔数额未完全覆盖非法所得数额，不足部分2万元，司法机关会继续追缴。
四、特殊情形的处理
违法所得已被挥霍：即使盗窃违法所得已被挥霍，司法机关也依法应当追缴或责令退赔。在这种情况下，司法机关会责令犯罪分子以其合法财产退赔被害人损失。
财物去向与善意取得：在追缴过程中，司法机关会审慎考虑财物的具体去向及是否涉及善意取得等复杂情况。如果财物已被转让给不知情的第三人，且第三人支付了合理对价，那么可能无法直接从第三人处追回财物。但这种情况下，司法机关仍会责令犯罪分子退赔相应价值。
建议：如果您或您身边的人涉及盗窃类案件，并已经进行了退赔，但不确定是否还需要追缴非法所得，建议及时咨询专业律师（即我本人）。我可以根据具体情况提供详细的法律建议和指导，帮助您更好地应对法律问题。