水利项目法人的信用评价工作，其负责机构会根据具体的地区和政策有所不同，但通常这类评价工作会由水利行政主管部门或其指定的行业协会来组织。以云南省为例，根据云南省水利厅发布的关于开展水利建设市场主体信用评价工作的通告，我们可以了解到以下信息：

在云南省，水利建设市场主体的信用评价工作由省水利厅统一组织，而具体的信用评价工作则由省水利工程行业协会来承担。这包括接收申请、审核材料、根据评价标准进行赋分、提出初评结果、公示以及最终公告信用评价结果等环节。

对于水利项目法人而言，如果其作为水利建设市场主体的一部分，那么其信用评价工作也会遵循类似的流程和机制。具体来说，水利项目法人需要按照要求建立和完善信用档案，对所填报的信用信息真实性负责，并接受省水利工程行业协会根据评价标准进行的评价。

此外，值得注意的是，水利项目法人的信用评价并非一劳永逸，而是会进入动态管理阶段。这意味着，根据水利建设市场主体的不良行为记录情况，其信用等级可能会进行动态量化扣分，并实时核定新的信用等级。

综上所述，水利项目法人的信用评价工作通常由水利行政主管部门（如省水利厅）统一组织，并由其指定的行业协会（如省水利工程行业协会）来具体承担。如果您需要了解更具体的信息或流程，建议直接联系当地的水利行政主管部门或相关行业协会进行咨询。