城管是否有权禁止楼顶种花，需结合楼顶产权性质及地方性法规综合判断，结论如下：
若楼顶为公共区域（产权归全体业主共有）
根据《民法典》第271条，业主对共有部分享有共有和共同管理的权利。若楼顶属于公共区域，业主未经全体业主同意擅自种花，可能构成对共有权的侵害。此时，城管是否有权禁止需分两种情况：
- 地方性法规明确禁止：若当地《城市管理条例》或《物业管理条例》明确规定“禁止在楼顶公共区域种植植物”，城管可依据法规要求业主整改，否则可能面临行政处罚（如罚款、强制清除）。
- 地方性法规无明确规定：若法规未明确禁止，城管可能缺乏直接执法依据，但可通过物业或业主委员会协调解决。若种植行为导致安全隐患（如植物过重压坏屋顶、根系破坏防水层），城管可依据《安全生产法》或《建设工程质量管理条例》介入。
若楼顶为专有部分（产权归特定业主所有）
根据《民法典》第272条，业主对其建筑物专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利。若楼顶属于某业主的专有部分（如顶层业主单独所有），该业主有权自主决定是否种花，但需遵守以下限制：
- 不得损害他人权益：若种植行为导致漏水、坠物伤人等后果，需承担侵权责任（《民法典》第1165条）。
- 遵守地方性法规：即使为专有部分，若地方性法规明确禁止（如为维护城市景观统一性），城管仍可要求整改。
城管执法的合法性边界
城管执法需严格依据地方性法规，若法规未明确禁止楼顶种花，城管可能面临“无法可依”的困境。此时，建议通过以下途径解决：
- 物业协调：物业可依据《物业管理条例》制定管理规约，禁止或限制楼顶种花。
- 业主委员会决议：通过业主大会表决，形成对楼顶使用的共同约定。
- 民事诉讼：若种植行为损害其他业主权益，受损害方可依据《民法典》提起相邻权纠纷诉讼。
法律建议：
- 若您是种植方，建议先确认楼顶产权性质，并征得物业或业主委员会同意；若为公共区域，需遵守地方性法规。
- 若您是反对方，可先通过物业或业主委员会协调，若无效，可向城管部门举报（需提供地方性法规依据），或直接向法院提起民事诉讼。
- 若城管以“无法可依”为由拒绝处理，可向当地人大或政府法制办建议修订相关法规，明确执法主体和标准。
典型案例参考：
某市曾发生类似纠纷，顶层业主在楼顶种花导致漏水，楼下业主起诉要求赔偿。法院经审理认为，虽楼顶为专有部分，但业主未尽到合理使用义务，判决其承担维修费用。此案表明，即使为专有部分，使用也需符合“不得损害他人权益”的原则。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地的具体法规提供更精准的建议。