在出口企业函调供应商不通过导致无法退税的情况下，损失的责任分配需根据具体情况来判断，无法一概而论谁负责，但基本思路是“有约定按约定；未约定，则可能存在即便证据充分，法院也很难支持供应链公司向实际出口企业或其下游供应商追索出口退税款的风险”。以下从不同角度进行分析：
一、有明确约定的情况
如果实际出口企业、供应链企业与供应商之间在合同中明确约定了函调不通过导致无法退税的责任分配，那么应当按照合同约定来执行。例如，在案例中，B公司及B公司的实际控制人张三向A供应链公司出具了保函，载明倘若函调未能顺利通过，预计将产生的退税经济损失由B公司承担，张三愿对上述款项承担连带清偿责任。在这种情况下，法院最终支持了A供应链公司的全部诉讼请求，要求B公司赔偿损失，张三承担连带清偿责任。
二、无明确约定的情况
实际出口企业及其下级供货商的责任：
- 如果函调不通过是因为实际出口企业或其下级供货商（如供应商）对函调程序不了解、不配合，或者无法提供符合税务机关要求的增值税发票及相关材料，导致无法正常回复函调、无法退税，那么实际出口企业及其下级供货商可能需要承担一定的责任。
- 然而，在司法实务中，这类纠纷的风险承担分配问题非常复杂。如果合同中没有明确约定，即使证据充分，法院也可能很难支持供应链公司向实际出口企业或其下游供应商追索出口退税款。
供应链企业的责任：
- 供应链企业作为直接对接税务机关的专业人员，有责任确保退税业务的顺利进行。如果因为供应链企业自身的疏忽或错误导致函调不通过，那么供应链企业可能需要承担相应的责任。
- 但通常情况下，供应链企业只是作为代理方，其责任主要限于按照合同约定履行代理义务。如果合同中没有明确约定供应链企业需要承担函调不通过的责任，那么供应链企业可能不需要承担损失。
三、建议与措施
重视合同条款：
- 广大供应链企业务必重视各类配套合同中的退税责任的风险分配条款。例如，可以约定“保证开具的发票合法有效，满足出口退税要求”、“保证及时有效回复函调”、“若因函调无法通过，应承担全部损失赔偿责任”等。这样可以在未来发生争议时，最大限度保护自身利益。
加强沟通与配合：
- 实际出口企业、供应链企业与供应商之间应加强沟通与配合，确保函调程序的顺利进行。如果发现任何可能影响函调结果的问题，应及时协商解决，避免造成不必要的损失。
寻求法律支持：
- 在发生争议时，各方应及时寻求法律支持，通过法律途径解决纠纷。作为专业律师，我可以提供公司事务、刑事辩护领域的法律咨询和服务，帮助各方维护自身合法权益。
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