女方在分居协议中约定子女抚养权归自己后，仍然可以起诉要求确认或变更抚养权归自己（若存在法定变更情形）。以下从不同角度进行详细分析：
一、分居协议与抚养权的法律性质
分居协议是夫妻双方在分居期间就财产分割、子女抚养等事项达成的书面约定。然而，分居并不改变夫妻双方对未成年子女的法定抚养权利和义务。根据《中华人民共和国民法典》第一千零五十八条：“夫妻双方平等享有对未成年子女抚养、教育和保护的权利，共同承担对未成年子女抚养、教育和保护的义务。”这一条款明确了父母对子女的抚养权是平等的，且是法定的，不受分居状态或分居协议的影响。
二、起诉要求确认或变更抚养权的法律依据
确认抚养权：
- 若分居协议中未明确抚养权归属，或双方对抚养权有争议，任何一方均可向法院提起诉讼，要求确认抚养权。
- 法院在审理时，会综合考虑子女的年龄、健康状况、双方的抚养能力和条件、子女的意愿（如已满八周岁）等因素，作出最有利于未成年子女的判决。
变更抚养权：
- 即使分居协议中已约定抚养权归女方，若后续出现法定变更情形，女方或男方均可向法院提起诉讼，要求变更抚养权。
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第五十六条，具有下列情形之一，父母一方要求变更子女抚养关系的，人民法院应予支持：
- 与子女共同生活的一方因患严重疾病或者因伤残无力继续抚养子女；
- 与子女共同生活的一方不尽抚养义务或有虐待子女行为，或者其与子女共同生活对子女身心健康确有不利影响；
- 已满八周岁的子女，愿随另一方生活，该方又有抚养能力；
- 有其他正当理由需要变更。
三、诉讼准备与建议
收集证据：
- 若女方希望确认或维持抚养权，应收集证据证明自己具备抚养能力，如稳定收入、良好居住环境、对子女的关爱和照顾等。
- 若存在法定变更情形，如对方不尽抚养义务、虐待子女等，应收集相关证据，如证人证言、医疗证明、伤痕照片等。
提起诉讼：
- 女方应向有管辖权的法院提起诉讼，并提交起诉状、证据材料等。
- 在诉讼过程中，应积极配合法院的调查和调解工作，争取达成有利于子女的抚养安排。
尊重子女意愿：
- 若子女已满八周岁，应尊重其意愿，并考虑将其意愿作为法院判决的重要参考。
四、可能的法律后果
法院判决确认抚养权：
- 若法院认为女方具备抚养能力，且抚养安排最有利于未成年子女，会判决确认抚养权归女方。
法院判决变更抚养权：
- 若法院认为存在法定变更情形，且变更抚养权对子女更有利，会判决变更抚养权归另一方（如男方）。
调解或和解：
- 在诉讼过程中，双方也可能通过调解或和解达成新的抚养安排，并由法院确认。
建议：若女方在分居协议后希望确认或变更抚养权，应首先评估自身抚养能力和条件，以及是否存在法定变更情形。如有需要，可及时咨询专业律师，收集证据并提起诉讼。同时，也应尊重子女的意愿和感受，确保抚养安排最有利于未成年子女的健康成长。如有任何法律问题，可直接向我咨询。