针对员工上班摸鱼的问题，如何进行处罚需要综合考虑法律法规、公司规章制度以及实际情况。以下是一个详细且深入的解答：
一、法律法规依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但这里的关键是“严重违反”，且用人单位需要基于充分的事实证据和遵循正当的程序。
二、公司规章制度
明确界定：公司首先需要有明确且经民主程序制定、向员工公示的规章制度，其中应具体界定“摸鱼”等怠工行为，并规定相应的处罚措施。
民主程序：规章制度的制定应经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。
公示告知：规章制度制定后，应向员工公示或告知，确保员工知晓并理解其中的内容。
三、处罚措施与程序
收集证据：当发现员工摸鱼时，公司应收集相关证据，如监控录像、同事证言、工作成果记录等，以证明其存在怠工行为且达到严重违反规章制度的程度。
初步处理：在证据充分的情况下，公司可以先对员工进行口头或书面警告，并要求其改正。这可以视为一种教育、提醒的过程。
辞退程序：如果员工屡教不改，公司可以依据规章制度和《劳动合同法》第三十九条的规定，向员工送达解除劳动合同通知书，明确解除原因是其严重违反规章制度。
通知书内容：应详细说明解除劳动合同的原因、依据、时间等，并要求员工在规定时间内办理工作交接和离职手续。
送达方式：通知书应通过书面形式送达员工，并保留送达证据，如签收单、快递回执等。
后续事宜：辞退后，公司应与员工进行工资结算、社保转移等后续事宜的处理，确保员工的合法权益得到保障。
四、赔偿与扣钱问题
赔偿问题：如果公司辞退员工的行为被认定为违法解除劳动合同，那么公司需要按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。经济补偿按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。
扣钱问题：从法律角度来看，能否因员工上班摸鱼扣钱需分情况分析。如果公司有明确且合法有效的规章制度，将上班摸鱼界定为违反劳动纪律的行为，并规定了相应的扣钱处罚措施，且该制度已向员工公示或员工已知晓，那么在合理范围内可以扣钱。但扣除的金额不能过分高于员工因摸鱼行为给公司造成的损失，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
五、建议与总结
完善制度：公司应不断完善规章制度，明确界定各种违规行为及其处罚措施，确保制度的合法性和有效性。
加强教育：对于员工摸鱼等违规行为，公司应加强教育和提醒，帮助员工树立正确的职业观和工作态度。
依法处理：在处理员工摸鱼等问题时，公司应依法进行，确保程序合法、证据充分，避免引发劳动争议和法律风险。
综上所述，针对员工上班摸鱼的问题，公司应依据法律法规和规章制度进行处罚，确保程序的合法性和证据的充分性。同时，公司也应加强教育和提醒，帮助员工树立正确的职业观和工作态度。