关于在水库玩遥控船是否违法以及如何处理的问题，这主要取决于水库的具体管理规定以及遥控船的使用方式是否违反了相关法律法规。
首先，我们需要明确的是，水库作为重要的水资源储备地，其管理通常受到严格的法律法规约束。在一些水库，特别是饮用水水源保护区或水生生物保护区，可能明确禁止了垂钓、捕捞等可能影响水质和水生生物的活动。如果遥控船被用于垂钓或捕捞等违规行为，那么这种行为显然是违法的。
从您提供的参考信息中，我们可以看到两个典型的案例。在第一个案例中，偷钓者使用遥控船运送鱼饵和鱼钩进行垂钓，这种行为被执法人员当场制止，并收缴了遥控船等渔具，同时开出了《行政处罚决定书》。在第二个案例中，当事人使用遥控船运送简易钓具在饮用水水源一级保护区范围内垂钓，同样被责令停止违法行为，并没收了遥控船及简易渔具。
因此，如果在水库玩遥控船时，遥控船被用于垂钓、捕捞或其他可能影响水质和水生生物的活动，并且该水库有明确的禁止规定，那么这种行为就是违法的。违法者可能会面临没收渔具、罚款等行政处罚。
处理建议：
了解水库规定：在前往水库玩遥控船之前，务必先了解该水库的管理规定，特别是关于垂钓、捕捞等活动的禁止性规定。
遵守法律法规：如果水库有明确的禁止规定，那么应严格遵守，不要使用遥控船进行垂钓、捕捞等违规行为。
配合执法检查：如果遇到执法人员的检查，应积极配合，如实说明情况，不要试图逃避或抗拒检查。
接受处罚：如果因使用遥控船进行违规行为而被处罚，应接受处罚决定，并按照要求缴纳罚款或接受其他处罚措施。
总之，在水库玩遥控船是否违法取决于具体的管理规定和使用方式。为了确保自己的行为合法合规，建议在使用遥控船之前先了解相关规定，并严格遵守。