股东转入款备注为投资款，实际用于偿还借款，这一行为的合法性需根据具体情况分析。以下是详细分析：
一. 投资款与借款的性质
- 投资款：通常指股东为了获取公司股权或增加公司资本而投入的资金，属于公司资本的一部分，不得随意抽回。
- 借款：指公司或个人为了资金周转等需要，从他人处借入的资金，需按照约定偿还本金及利息。
二. 备注投资款实际用于偿还借款的合法性分析
若股东与公司有明确的借款协议：
- 股东与公司之间存在明确的借款关系，且借款协议中约定了还款方式、时间等，那么股东转入款即使备注为投资款，但实际用于偿还借款，只要双方意思表示真实，且不违反法律法规的强制性规定，即为合法。
- 法律依据：《民法典》第六百七十九条规定：“自然人之间的借款合同，自贷款人提供借款时成立”。即只要借款实际发生，且双方有明确的借款合意，借款合同即成立并生效。
若股东与公司无明确的借款协议：
- 若股东与公司之间并无明确的借款关系，股东将转入款备注为投资款，但实际用于偿还所谓的“借款”，则可能涉嫌抽逃出资或虚假出资，这是违法的。
- 法律依据：《公司法》第三十五条规定：“公司成立后，股东不得抽逃出资”。即股东一旦将资金投入公司，就不得随意抽回，除非通过合法的减资程序或股权转让等方式。
三. 实际操作的注意事项
- 股东在转入款项时，应确保备注与实际用途相符，以避免产生不必要的法律纠纷。
- 若股东与公司之间存在借款关系，应签订明确的借款协议，并严格按照协议履行。
综上所述，股东转入款备注为投资款，实际用于偿还借款的合法性取决于股东与公司之间是否存在明确的借款关系。若存在明确的借款协议，且双方意思表示真实，则为合法；若无明确的借款关系，则可能涉嫌违法。因此，在进行此类操作时，应谨慎处理，并确保符合相关法律法规的要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。