确认违法建筑的机关主要由《中华人民共和国城乡规划法》、《中华人民共和国土地管理法》及相关法规政策规定。具体认定机关及其职责如下：

一. 自然资源主管部门

1. 法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第七十七条。
2. 主要职责：负责查处非法占用土地的行为，特别是将农用地擅自改为建设用地的违法行为。
3. 认定情形：未经批准或骗取批准在农用地上建设房屋等改变土地用途的行为。例如，某企业在未获得土地审批的情况下，擅自将农田改为工业用地并建设厂房，此行为由自然资源主管部门进行认定和处理。

二. 城乡规划主管部门（城乡规划局）

1. 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条及第六十五条（部分）。
2. 主要职责：负责城市规划区内违反规划建设的查处，包括未取得或未按建设工程规划许可证进行建设的行为。
3. 认定情形：在城市规划区内擅自新建、扩建、改建建筑物、构筑物等违反城乡规划的行为。例如，某市民在未取得建设工程规划许可证的情况下，擅自在城市规划区内建设住宅，此行为由城乡规划主管部门进行认定和处理。

三. 乡（镇）人民政府

1. 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条。
2. 主要职责：在乡、村庄规划区内，对未依法取得乡村建设规划许可证或未按其规定进行建设的行为进行认定和处理。
3. 认定情形：村民未经审批在宅基地上加建、在村庄公共用地上私自搭建等行为。例如，某村民在未获得乡村建设规划许可证的情况下，擅自在村庄公共用地上搭建仓库，此行为由乡（镇）人民政府进行认定和处理。

四. 城市管理执法部门（城管）

1. 法律依据：相关法律法规赋予的城市管理和行政执法权力。
2. 主要职责：负责城市管理和行政执法工作，对未经规划许可或违反规划要求建设的建筑物进行认定和查处。
3. 认定情形：城市区域内违反规划要求的各类建设行为。例如，某商家在城市区域内未经规划许可擅自搭建广告牌，此行为由城市管理执法部门进行认定和处理。

综上所述，确认违法建筑的机关主要包括自然资源主管部门、城乡规划主管部门、乡（镇）人民政府以及城市管理执法部门等，它们根据各自的职责和权限，对特定情形下的违法建筑进行认定和处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。