合作开发的案由主要涉及合作开发合同纠纷。以下是对此的详细分析：

一. 合作开发合同纠纷的案由确定

1. 合同性质：合作开发合同属于技术合同的一种，是当事人之间就新技术、新产品、新工艺或者新材料及其系统的研究开发所订立的合同。因此，合作开发合同纠纷自然属于技术合同纠纷的范畴。
2. 案由规定：根据最高人民法院《民事案件案由规定》，合作开发合同纠纷是明确列出的案由之一，用于解决合作开发过程中因合同履行而引发的争议。

二. 合作开发合同纠纷的常见情形

1. 合同履行争议：合作开发合同在履行过程中，可能因研发进度、技术成果、费用支付、知识产权归属等问题产生争议，进而引发纠纷。
2. 违约责任追究：当一方违反合作开发合同的约定，如未按时完成研发任务、未支付研发费用或侵犯对方知识产权时，另一方可能提起违约之诉，要求追究对方的违约责任。

三. 合作开发合同纠纷的处理

1. 协商解决：发生纠纷后，双方应首先尝试通过协商的方式解决争议，这有助于维护双方的合作关系，降低诉讼成本。
2. 诉讼或仲裁：如果协商无果，一方可以向人民法院提起诉讼，或者根据合同中的仲裁条款向仲裁机构申请仲裁，以寻求法律救济。

我建议，在涉及合作开发合同纠纷时，首先应明确合同的性质和内容，然后结合具体争议点来确定案由，并选择合适的解决方式。如有进一步需要，您可以继续咨询我。