当事人若因被骗而签署了借款合同，并在三年后被起诉才意识到原以为是作为担保抵押签字的情况，可采取以下措施来维护自身权益：

1. 立即收集证据：

   • 首要任务是收集所有能证明自己被骗签署合同的证据。这包括但不限于对方欺诈的聊天记录、通话录音、邮件往来、证人证言等。
   • 若存在胁迫情形，如对方以暴力或威胁手段迫使您签署合同，应尽可能收集相关的现场视频、警方出警记录等证据。
   • 这些证据是证明合同签订违背您真实意愿的关键，对于后续维权至关重要。

2. 向法院主张撤销合同：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
   • 您应在收到起诉状副本后的合理期限内，向法院提出撤销借款合同的请求，并附上收集到的证据。
   • 撤销权的行使期限为一年，自您知道或者应当知道撤销事由之日起计算。因此，务必尽快行动，以免错过撤销权行使期限。

3. 参加庭审并如实陈述：

   • 按照法院通知的时间和地点参加庭审，这是维护自身权益的重要环节。
   • 在庭审过程中，要如实陈述事情经过，将自己被骗的情况清晰准确地告知法庭，并出示收集到的证据。
   • 庭审是双方展示证据、辩论法律问题的场所，您的陈述和证据将直接影响法官的判断。

4. 考虑诉讼时效问题：

   • 需要注意的是，虽然您是在三年后才知道被骗签署合同的情况，但诉讼时效的计算可能从您知道或应当知道权利被侵害之日起算。
   • 然而，对于因欺诈而订立的合同，撤销权的行使期限为一年，自您知道或应当知道撤销事由之日起计算。因此，在诉讼时效方面，您应重点关注撤销权的行使期限。
   • 如果已经超过撤销权的行使期限，但合同存在其他无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定等），您仍可向法院主张合同无效。

5. 寻求专业法律帮助：

   • 鉴于法律问题的复杂性和专业性，建议您在处理此类纠纷时寻求专业律师的帮助。
   • 律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自身权益。

在处理此类纠纷时，还需要注意以下几点法律背景和建议：

• 合同效力问题：被骗签署的合同并非当然无效，而是可撤销。在出借人不行使撤销权的情况下，借贷合同依然有效。因此，您需要积极行使撤销权以维护自身权益。
• 证据收集的重要性：证据是证明您被骗签署合同的关键。没有充分的证据支持，您的主张可能难以得到法院的支持。因此，务必尽快收集并保存相关证据。
• 法律程序的遵循：在处理此类纠纷时，应遵循法律程序的规定。如向法院提起诉讼、参加庭审等。违反法律程序可能导致您的权益无法得到保障。

可能面临的法律后果：

• 如果法院认定您是被骗签署合同，并支持您的撤销请求，那么该借款合同将被撤销，自始没有法律约束力。您无需承担合同约定的还款义务。
• 如果法院未认定您是被骗签署合同，或者您未能在规定期限内行使撤销权，那么该借款合同可能继续有效。您可能需要承担合同约定的还款义务，并可能面临相应的法律责任。

最后，建议您在处理此类纠纷时保持冷静和理性，积极收集证据并寻求专业法律帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。