灵活用工被认定虚开后，相关费用不能作为成本进行税前扣除。

一. 灵活用工被认定虚开的情况

灵活用工本身是一种合法的用工模式，但如果被认定为虚开，通常意味着存在不合规的操作，如虚构交易、虚开发票等。这种情况下，相关费用就不能被视为正常的业务成本。

二. 税务处理

1. 税前扣除的限制：根据税法规定，虚开的发票不得作为税前扣除的凭证。因此，灵活用工被认定虚开后，相关费用不能作为成本在税前扣除。
2. 税务风险：虚开发票不仅会导致相关费用不能税前扣除，还可能引发税务风险，包括被税务机关追缴税款、滞纳金，甚至可能面临行政处罚或刑事责任。

三. 合规建议

1. 加强合规管理：企业应加强对灵活用工模式的管理，确保交易的真实性、合法性，并保留完整的交易记录和凭证。
2. 咨询专业意见：在采用灵活用工模式前，建议咨询专业的税务顾问或律师，了解相关税务风险和合规要求。

我建议企业在采用灵活用工模式时，应严格遵守税法规定，确保交易的真实性和合法性，以避免税务风险。同时，对于已经发生的虚开情况，应积极配合税务机关的调查和处理，并加强内部的合规管理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。