公司赔偿金分两次给，在实践中是常见且合法的情况。这主要取决于赔偿项目的构成、支付流程以及法律依据。下面我将从这几个方面为你详细解释：
一、赔偿项目构成复杂
工伤赔偿通常包含多个项目，这些项目可能来源于不同的支付渠道。例如：
- 工伤保险基金支付的费用：包括治疗费、康复费、住院期间的生活费、一次性伤残补助金等。这些费用需要经过严格的审核流程，包括工伤认定、劳动能力鉴定等材料的审核，审核通过后才会安排打款。
- 用人单位支付的费用：包括工伤期间的工资、一次性伤残就业补助金等。这些费用可能因用人单位内部财务流程、资金筹备等原因，与工伤保险基金的支付时间不一致。
由于这些不同的赔偿项目可能来源于不同的支付渠道，且每个渠道的支付流程和审核环节都可能不同，因此导致赔偿金分两次打款。
二、支付流程和审核环节
工伤保险基金支付流程：
- 完成工伤鉴定并申请工伤保险基金支付后，款项一般一个月左右可以到公司账户，再由公司转给工伤职工，或直接划拨至工伤职工个人的银行账户，具体时间取决于公司效率和地区规定。
用人单位支付流程：
- 工伤期间的工资按月支付；一次性伤残就业补助金在受伤职工离职后才支付。这可能导致用人单位支付的部分与工伤保险基金支付的部分在时间上不一致。
三、法律支持
只要符合法定程序和双方约定，分两次打款本身是合法的。这要求用人单位或相关支付方提前与工伤职工沟通并说明情况，且有明确的书面约定或法律依据支持分阶段支付。例如：
- 《社会保险法》第三十八条：明确规定了从工伤保险基金中支付的费用项目，包括一次性伤残补助金等。
- 《社会保险法》第三十九条：明确规定了由用人单位支付的费用项目，包括一次性伤残就业补助金等。
四、职工权益保障及应对措施
核实打款情况真实性：
- 职工在收到第一次打款后，应及时核实款项来源、金额是否与应得赔偿的一部分相符。可以通过向用人单位人力资源部门、当地社保经办机构咨询等方式进行确认。
留存证据：
- 与用人单位的沟通记录、赔偿协议、打款凭证等都要妥善保存，作为后续可能出现纠纷的处理依据。
关注剩余款项支付：
- 根据之前的约定或法定支付时间节点，关注剩余款项的支付情况。若超过约定时间仍未收到第二次打款，职工有权向用人单位或相关支付方询问原因，并要求按照约定支付剩余赔偿款。
维权途径：
- 若协商不成，职工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁结果不满意的，还可以向人民法院提起诉讼。在整个维权过程中，要充分利用之前留存的证据来维护自己的合法权益。
总结与建议：
公司赔偿金分两次给是合法且常见的操作，但职工应充分了解相关流程和法律规定，并采取必要措施确保自身权益得到保障。在整个过程中，保持与用人单位的良好沟通、留存关键证据以及及时采取维权措施都是至关重要的。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。