结论：在调解书明确约定两套房合并处理的情况下，原则上需按调解书内容同步履行，但若存在客观障碍或双方协商一致，可先办理一套过户，但需注意法律风险。

1. 调解书的法律效力与履行原则

根据《民事诉讼法》第九十七条，调解书经双方当事人签收后即具有法律效力，与判决书具有同等强制执行力。若调解书明确约定两套房合并处理（如共同作为债务履行标的或权利转移对象），则原则上应同步履行，任何一方不得擅自变更履行方式。

例外情形：若存在客观障碍（如其中一套房产被查封、权属存在争议等），导致无法同步履行，可向法院申请中止履行或变更履行方式，但需提供充分证据并经法院审查同意。

2. 先办理一套过户的合法性分析

• 若双方协商一致：可签订补充协议，明确先办理一套过户的具体安排（如时间、条件、违约责任等），并报法院备案。此时，补充协议与原调解书具有同等效力，但需确保不损害第三方利益（如债权人、其他共有人等）。
• 若单方擅自变更：可能构成违约，对方可依据调解书向法院申请强制执行，要求继续履行或赔偿损失。

3. 操作建议与风险防范

• 步骤一：审查调解书条款，确认是否允许分步履行。若条款模糊，建议与对方协商并签订书面补充协议。
• 步骤二：若需法院确认，可向执行法院提交《变更履行方式申请书》，附上证据材料（如房产现状说明、协商记录等）。
• 步骤三：办理过户时，确保税务、登记等手续合法合规，避免因程序瑕疵导致产权纠纷。

风险提示：若先办理一套过户后，另一套房产因客观原因无法履行（如被第三人查封），可能面临违约责任或执行回转风险。

4. 法律依据

• 《民事诉讼法》第九十七条：调解达成协议，人民法院应当制作调解书。调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力。
• 《民法典》第五百四十三条：当事人协商一致，可以变更合同。
• 《民法典》第五百七十七条：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

总结：在调解书未明确禁止分步履行的情况下，可与对方协商并签订补充协议后先办理一套过户，但需严格履行法律程序并防范风险。如有疑问，可直接向我咨询具体操作方案。