非法占用基本农田主要侵犯了村民的土地所有权、土地承包经营权以及集体成员基于土地所享有的相关权益。以下是对这些权益的详细解释：
土地所有权：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村和城市郊区的土地，除了法律明确规定属于国家所有的部分外，其余都属于农民集体所有。这意味着村集体依法对这些土地拥有所有权。非法占用基本农田，未经合法的程序（如没有经过相关部门的审批、没有和村集体达成合理的协议等），就侵犯了村集体的土地所有权。
土地承包经营权：
- 许多基本农田会承包给农户进行生产经营。一旦土地被承包出去，农户就依法享有对承包地使用和收益的权利。他们可以根据自身的安排，自主组织生产经营活动，并且有权对生产出来的产品进行处置。非法占用这些承包地，就会侵犯农户的土地承包经营权，影响到他们的正常生产和生活。
集体成员权益：
- 土地对于村集体成员来说，是至关重要的生产生活资料，关系到集体成员的切身利益，比如通过土地种植农作物获得收入等。非法占用基本农田，很可能会损害集体成员基于土地所享有的相关权益，如收入减少、生活受到影响等。
当遇到非法占用基本农田的情况时，村民或村集体可以采取以下措施维护自身合法权益：
- 与占地方协商：首先尝试和占用方进行协商，要求停止侵权、恢复原状并赔偿损失。在协商过程中，要注意收集有力证据证明土地权属及被占情况。
- 向相关部门投诉举报：如果协商不成，可以向村委会反映，由村委会出面协调解决；或者向乡镇政府或县级自然资源部门投诉举报，请求其依法处理占地违法行为。
- 通过法律途径维权：若协商和投诉举报均无果，可以考虑通过行政复议或行政诉讼途径，要求确认占地行为违法，并责令对方承担相应法律责任。在此过程中，村民要注意收集保存好土地权属证明、占地相关证据等，以便更好地维护自身合法权益。
非法占用基本农田是一种严重的违法行为，不仅侵犯了村民的合法权益，也破坏了国家的土地管理秩序。因此，一旦发现此类行为，应及时采取措施进行维权。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。