对于厂房没有房产证的情况，法院通常不会直接判决厂房的所有权归属，而是会根据实际情况判决由一方使用，待厂房能办理房产证后，双方可再协商或诉讼确定所有权归属。具体分析如下：
一、法院不直接判决所有权归属的原因
根据相关法律规定，房屋产权的确定依赖于产权登记。没有房产证，则产权不明，法院在无法明确产权归属的情况下，通常不会直接判决厂房的所有权归哪一方所有。这是为了避免因产权不明而引发的后续纠纷，确保判决的公正性和合理性。
二、法院可能判决的内容
居住、使用权判决：
- 在厂房没有房产证的情况下，法院会根据房屋的来源、居住现状、出资情况等因素，将厂房的居住、使用权判给一方。例如，如果一方在经营过程中对厂房的投入更多，或者更依赖厂房继续开展生产经营活动，法院可能会考虑将使用权判给该方。
- 判决时，法院会遵循照顾子女、女方和无过错方权益等原则，确保判决的公平性和合理性。
补偿安排：
- 在判决居住、使用权的同时，法院可能会要求获得使用权的一方给予另一方相应的补偿。补偿的方式和金额会根据实际情况进行确定，以确保双方的权益得到平衡。
三、后续处理方式
待房产证办理后协商或诉讼：
- 当厂房能够办理房产证时，双方可以协商确定房屋的所有权归属。如果协商不成，可以另行向法院提起诉讼，请求对厂房的所有权进行分割。
- 法院在审理此类案件时，会依据相关证据（如建房的出资证明、土地使用证明等）和法律规定来确定厂房的最终归属及分割方式。
注意产权登记和交易合法性：
- 即使法院对厂房的使用权益进行了判决，后续在办理房产证时仍可能面临手续问题和相关争议。因此，双方应密切关注产权登记的进展，确保手续的合法性和完整性。
- 没有房产证的厂房在涉及转让交易时，其合法性和有效性也存在诸多不确定性。双方在进行交易时应谨慎对待，避免因产权不明而引发的法律风险。
四、特殊情况处理
- 如果厂房是违法建筑：法院在审理纠纷时不会认可其合法性，也不会对其实质性权益进行判决。当事人需要按照法院的判决合法行使权益，避免因违法建筑而引发的法律责任。
在实际操作中，如果遇到厂房没有房产证的情况，建议双方先通过协商解决争议。如果协商不成，可以寻求法律途径解决。在整个过程中，务必保留好相关证据（如建房审批文件、出资证明、居住现状照片等），以便在需要时提供给法院作为判决的依据。如果有任何法律问题，都可以直接向我咨询。