公司根据员工手册扣钱是否合法，需分情况讨论：
合法情形：
- 手册制定程序合法：员工手册需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、协商确定），并已向劳动者公示或告知。若手册内容合法且程序合规，员工违反规定时，公司依据手册扣款可能被认定为合法。
- 扣款理由明确且合理：扣款需基于员工手册中明确规定的违规行为（如迟到、旷工、损坏财物等），且扣款金额需符合法律限制（如每月扣款不得超过工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准）。
- 员工已知晓并认同：员工需在入职时签署确认书，或通过培训、公示等方式明确知晓手册内容。若员工未提出异议，可视为认同扣款规定。
违法情形：
- 手册制定程序违法：若员工手册未经民主协商、未公示，或内容违反法律强制性规定（如规定“迟到一次扣全部工资”），则依据该手册扣款违法。
- 扣款理由或金额违法：扣款需与违规行为直接相关，且金额合理。例如，因员工轻微失误扣款过高，或扣款无明确依据（如“态度不好”），均可能被认定为违法。
- 未履行告知义务：若公司未向员工公示手册内容，或员工未签署确认书，则公司无权依据手册扣款。
法律建议：
员工角度：
- 核实手册制定程序是否合法（如是否经民主协商、公示）。
- 检查扣款理由是否明确、金额是否合理。
- 若认为扣款违法，可先与公司沟通，要求提供扣款依据；协商无果后，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
公司角度：
- 制定员工手册时，确保程序合法（如经职工代表大会讨论）、内容合理（如扣款金额符合法律限制）。
- 向员工公示手册内容，并要求签署确认书。
- 扣款时，保留违规证据（如考勤记录、损坏财物照片），并确保扣款金额与违规行为匹配。
法律依据：
- 《劳动合同法》第四条：用人单位在制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。
- 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
示例：
- 合法扣款：员工手册规定“迟到30分钟以上扣当日工资的10%”，且手册经民主程序制定、已公示，员工签署确认书。某员工迟到1小时，公司扣款10%，合法。
- 违法扣款：员工手册未公示，规定“任何迟到均扣全部工资”。某员工迟到5分钟，公司扣款100%，违法。
总结：公司依据员工手册扣款是否合法，需结合手册制定程序、扣款理由及金额、员工知晓情况综合判断。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供法律分析。