结论：国企举办的民办高校借款给国企是否合法，需结合借款主体性质、资金来源、借款用途及程序合规性综合判断，存在合法与不合法的两种可能性。以下分情况具体说明：

1. 若民办高校具有独立法人资格且借款程序合法，可能合法

• 法律依据：根据《民办教育促进法》及实施条例，民办高校作为独立法人，有权依法自主管理财产，包括对外借款。但需满足以下条件：
  • 资金来源合法：借款资金需为高校自有资金（如学费收入、捐赠等），不得挪用财政拨款或教育专项资金；
  • 借款用途合法：借款需用于与高校教育相关的合法活动（如校企合作、教育设施建设等），或国企因公共利益需要的合法项目；
  • 程序合规：需通过高校内部决策程序（如董事会决议），并签订书面借款合同，明确利率、期限及还款方式。
• 风险提示：若借款利率超过法定上限（如LPR的4倍），可能被认定为高利贷，超出部分无效。

2. 若存在以下情形，可能不合法

• 资金来源违规：若借款资金来源于财政拨款、学生学费或教育专项资金，违反《民办教育促进法》关于资金专款专用的规定；
• 利益输送嫌疑：若借款无合理商业目的，或利率显著低于市场水平，可能被认定为关联交易或利益输送，违反《企业国有资产法》及反不正当竞争法；
• 程序瑕疵：未履行内部决策程序（如未经董事会同意），或未签订书面合同，可能导致借款合同无效；
• 国企借款用途违规：若国企将借款用于非经营性活动（如弥补亏损、发放员工福利等），可能违反国企财务管理规定。

3. 实务建议

• 合规审查：借款前应审查高校资金来源、国企借款用途及程序合规性，必要时咨询法律专业人士；
• 合同设计：签订书面借款合同，明确利率、期限、还款方式及违约责任，避免口头协议；
• 备案与披露：若涉及重大关联交易，建议按国企规定履行备案或披露义务。

总结：国企举办的民办高校借款给国企的合法性需具体分析，建议从主体资格、资金来源、用途及程序四方面严格审查。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。