当您已经还款但对方仍然选择起诉时，您可以按照以下步骤来处理这个问题，以确保您的权益得到妥善维护：
一、核实与准备证据
核实起诉事实：
- 首先，您需要仔细核对对方起诉的内容，确认其是否与您已还款的事实存在不符。
收集还款证据：
- 积极收集所有能证明您已还款的证据，包括但不限于：
- 转账记录（银行转账凭证、微信或支付宝转账截图等，需体现转账金额、时间、双方账户信息）。
- 收款收据（需有对方签字确认）。
- 聊天记录或通话录音（能体现对方确认收到还款的内容）。
- 如有现金还款，且存在证人，可让证人作证。
二、积极应诉
接收传票并按时应诉：
- 在收到法院传票后，务必按照指定的时间和地点参加诉讼，不要缺席，以免因未充分抗辩而承担不利后果。
提交答辩状：
- 按时提交答辩状，详细说明您已还款的事实及证据情况。在答辩状中，您可以清晰地阐述还款过程，并附上相关证据。
庭审陈述与举证：
- 在庭审过程中，如实陈述还款经过，并出示准备好的证据予以证明。对于对方的主张和证据，进行合理质疑和反驳。
三、应对恶意起诉
判断对方是否恶意起诉：
- 如果您认为对方起诉存在恶意，比如明知您已还款却仍提起诉讼，您可以考虑追究其虚假诉讼的法律责任。
追究法律责任：
- 虚假诉讼不仅浪费司法资源，还可能侵害您的合法权益。您可以向法院提出对方恶意起诉的质疑，并要求法院对此进行调查。如果法院认定对方存在恶意起诉行为，您可以要求对方承担相应的法律责任，包括赔偿您的经济损失和精神损害。
四、后续关注与维权
保存还款证据：
- 为了避免后续可能出现的类似纠纷，建议您妥善保存还款证据较长时间。这样，在需要时您可以迅速提供证据来维护自己的权益。
胜诉后的维权：
- 如果您胜诉后，对方因恶意起诉给您造成了损失，您有权要求对方赔偿相应的经济损失和精神损害。您可以与对方协商赔偿事宜，如果协商不成，您可以向法院提起诉讼来维护自己的权益。
总之，当您已经还款但对方仍然选择起诉时，不要慌张，按照上述步骤积极应对诉讼，收集并整理好相关证据，按时参加庭审并提交证据，清晰陈述还款事实。如果对方存在恶意起诉行为，您可以追究其法律责任。同时，为了后续可能出现的纠纷，建议您妥善保存还款证据。