若起诉时发现对方公司已注销，需根据不同情形来处理，以下是详细分析和建议：

一、公司未经依法清算即办理注销登记

若公司在注销时未依法进行清算，例如未通知已知债权人、未依法公告等，导致公司无法进行清算，债权人可主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。这是因为股东等在公司注销过程中有依法清算的义务，未履行该义务给债权人造成损失的，应承担相应责任。

法律依据：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定(二)》的相关规定，公司未经依法清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，债权人可主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。

建议行动：

• 收集证据：证明公司未经依法清算即办理注销登记的事实，如未通知债权人的证据、未依法公告的证据等。
• 起诉相关责任人：向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求股东、董事、控股股东或实际控制人承担清偿责任。

二、公司依法清算后注销

若公司是经过依法清算后注销的，在清算程序中，清算组会通知债权人申报债权。若债权人已申报，可按清算程序参与分配剩余财产；若未申报，在一定条件下（如规定期限内）可补充申报，并按规定程序受偿。但如果发现清算组成员在清算过程中存在故意或者重大过失给债权人造成损失的情形，债权人可以要求清算组成员承担赔偿责任。

法律依据：根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司依法清算后注销，债权人已申报债权的，可参与分配剩余财产；未申报的，在一定条件下可补充申报。同时，若清算组成员在清算过程中存在故意或重大过失，给债权人造成损失的，应承担赔偿责任。

建议行动：

• 确认清算程序：了解公司是否依法进行了清算，并获取清算报告等相关文件。
• 申报债权或补充申报：若已申报债权，则按清算程序参与分配；若未申报，则尽快在规定期限内补充申报。
• 追究清算组成员责任：若发现清算组成员存在故意或重大过失，可向其主张赔偿责任。

三、公司因合并或分立而注销

若公司在注销前发生合并或分立，根据法律规定，公司合并时，合并各方的债权、债务由合并后存续的公司或者新设的公司承继；公司分立前的债务由分立后的公司承担连带责任，但公司在分立前与债权人就债务清偿达成书面协议另有约定的除外。此时，债权人可起诉合并或分立后的公司。

法律依据：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司合并或分立时，债权债务的承继有明确规定。

建议行动：

• 了解合并或分立情况：获取公司合并或分立的相关文件，了解债权债务的承继情况。
• 起诉合并或分立后的公司：向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求合并或分立后的公司承担债务。

四、诉讼期间公司注销的特殊情况

诉讼期间原则上不可以注销公司。因为公司作为诉讼当事人，其诉讼主体资格承载着相应的权利与义务。若公司在此时注销，将导致诉讼主体缺失，影响诉讼程序正常进行，损害对方当事人合法权益。不过，若公司已与对方当事人达成和解，债权债务处理完毕，且经法院允许，可办理注销。

法律依据：根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司注销需依法完成清算程序，了结公司债权债务。而处于诉讼阶段的公司，其债权债务关系往往尚未明确或处理完毕，不符合注销条件。

建议行动：

• 关注公司动态：在诉讼期间，密切关注对方公司的动态，防止其违规注销。
• 及时采取措施：若发现对方公司违规注销，可向法院申请采取相应措施，保障自身权益。

最后需要强调的是，在处理此类问题时，务必准备好相关证据，如证明与原公司存在债权债务关系的证据、公司注销情况的证据以及股东等主体应承担责任的事实证据等。同时，按照法律规定程序向有管辖权的人民法院提起诉讼。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。