当您已经起诉离婚并立案，而此时被告人表示同意离婚时，您可以按照以下步骤和注意事项来处理：
一、法院调解与调解书
法院调解：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，如果双方当事人对原告起诉的事情已经达成一致的意见，法院可以在主持下进行调解。
- 调解过程中，法院会就离婚、财产分割、子女抚养等问题与双方进行沟通，确保双方自愿且合法地达成协议。
制作调解书：
- 调解达成协议后，法院会制作离婚调解书。
- 调解书应当写明诉讼请求、案件的事实和调解结果，并由审判人员、书记员署名，加盖人民法院印章。
- 调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，与判决书具有同等效力。
二、诉讼费用
- 根据最高人民法院《诉讼费用交纳办法》，离婚案件每件交纳50元至300元。涉及财产分割的，财产总额不超过20万元的，不另行交纳；超过20万元的部分，按照0.5%交纳。
- 如果调解结案，诉讼费通常会减半收取。
三、离婚证与调解书的关系
- 法院的判决书、调解书具有和行政机关办理的离婚证同等的法律效力。
- 法院不会为离婚当事人出具离婚协议，而是发放载有离婚协议的《民事调解书》。
- 离婚当事人双方在法院领取了离婚《民事调解书》后，即意味着正式离婚，双方不再是夫妻关系。
四、后续问题的处理
财产分割与债务承担：
- 即使被告人同意离婚，双方仍需就财产分割和债务承担等问题达成一致意见。
- 如果双方在这些问题上存在分歧，法院将依据法律的规定以及实际的情况来做出判决。
子女抚养权：
- 子女抚养权的安排需要综合考虑双方的抚养能力、孩子的意愿等多方面因素。
- 双方可以就子女抚养权进行协商，如果协商不成，法院将依法作出判决。
保留证据：
- 在处理后续问题时，双方应注意保留相关的证据，如财产凭证、子女生活学习相关的资料等。
- 这些证据有助于法庭更清楚地查明事实，从而做出公平公正的裁决。
五、撤诉的可能性
- 如果原告在起诉后与被告就离婚、财产分割、子女抚养等问题达成一致意见，原告也可以选择撤诉。
- 撤诉必须由原告自愿提出，并向法院提交撤诉申请。
- 法院会对撤诉申请进行审查，如果符合法律规定，一般会同意撤诉。
综上所述，当被告人同意离婚时，您可以通过法院调解来达成离婚协议，并获取具有法律效力的调解书。同时，您也需要关注后续问题的处理，如财产分割、债务承担和子女抚养权等。如果双方在这些问题上存在分歧，法院将依法作出判决。