在档案里同时存在劳动合同和协议工合同的情况下，应以哪个合同为准，这主要取决于合同的具体内容、签订时间以及双方的约定，但通常遵循“后合同优于前合同”及“特别约定优于一般约定”的原则，具体法律依据及分析如下：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》合同编：该编规定了合同的基本原则、订立、效力、履行、变更和转让、权利义务终止以及违约责任等，是处理合同纠纷的主要法律依据。虽然并未直接规定劳动合同与协议工合同冲突时的处理原则，但其中的合同效力、履行等原则可适用于此。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》：该法专门规定了劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止等，是处理劳动合同纠纷的直接法律依据。对于劳动合同与协议工合同之间的冲突，可结合该法的相关规定进行分析。

二、具体分析

1. 合同签订时间：

   • 如果两份合同签订时间不同，通常“后合同优于前合同”。即，如果后签订的合同对工作内容、工资待遇、工作期限等关键条款进行了修改或重新约定，那么应以最后签订的合同为准。

2. 合同内容：

   • 如果两份合同内容存在冲突，特别是关于工作条件、工资待遇、工作期限等核心条款，那么需要分析哪份合同的内容更具体、更详细，或者哪份合同是双方真实意思的表示。通常，更具体、更详细的合同或双方真实意思表示的合同会被优先考虑。
   • 如果协议工合同是对劳动合同的补充或特别约定，且该特别约定不违反法律法规的强制性规定，那么应以协议工合同为准。例如，协议工合同可能对劳动合同中的某些条款进行了细化或修改，以适应特定工作场景或双方特殊需求。

3. 双方约定：

   • 如果双方在合同中明确约定了以哪份合同为准，或者对合同冲突时的处理原则进行了约定，那么应遵循双方的约定。这是尊重当事人意思自治的体现。

三、建议与注意事项

1. 审查合同内容：在发生合同冲突时，首先应仔细审查两份合同的内容，特别是关于工作条件、工资待遇、工作期限等核心条款。

2. 协商解决：如果可能的话，双方应尝试通过协商解决合同冲突。这有助于维护双方的关系，并避免不必要的法律纠纷。

3. 寻求法律帮助：如果协商无果，或者对合同内容存在争议，建议寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见，并帮助当事人维护自己的合法权益。

在处理此类问题时，请务必根据具体情况进行分析，并遵循相关法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。