拥有土地确权证的开荒土地，其所有权通常归属于确权证登记的权利人。不过，具体归属还需结合开荒行为是否合法、土地性质以及相关政策法规来综合判断。以下是对这一问题的详细分析：

一、土地所有权归属

1. 国有土地：根据《中华人民共和国土地管理法》第九条，城市市区的土地属于国家所有。因此，若开荒的土地位于城市市区内，其所有权仍归国家。

2. 集体土地：农村和城市郊区的土地，除法律规定属于国家所有的以外，一般属于农民集体所有。这包括宅基地、自留地和自留山。所以，若开荒的土地位于农村或城市郊区，且不属于国家所有，则归属于农民集体。

二、土地使用权或承包经营权

1. 有合法手续的情况：

   • 若开荒者经过了相关政府部门的审批许可，并办理了合法的开垦手续，如签订了承包合同或获得了土地使用权证，则拥有该块土地的合法使用权或承包经营权。这种使用权或承包经营权可能在一定期限内享受相应权益，如进行农业生产等活动。
   • 特别地，对于未确定使用权的国有荒山、荒地等，根据《中华人民共和国土地管理法》第四十条，经县级以上人民政府依法批准，可以确定给开发单位或者个人长期使用。

2. 无合法手续的情况：

   • 未经许可私自开荒的，虽然开垦者投入了人力和物力，但这种行为在法律上可能是违法的。实践中，如果开垦者长期实际使用该土地且没有其他争议，集体可能会默认其对该土地有一定程度的使用权，但这种使用权缺乏法律保障。一旦土地因规划需要被征收、征用或发生权属争议，私自开荒者很难主张获得与合法取得土地使用权者同等的补偿和权益。

三、特殊情况处理

1. 历史遗留问题：对于一些历史上形成的开荒事实，可能需要根据当地的实际情况和政策规定来处理，并给予开荒者一定的权益保护。例如，某些地区可能对长期开垦且未引发争议的土地，通过补办手续或签订协议的方式确认开荒者的权益。

2. 政策调整：随着政策的调整和变化，开荒土地的归属和使用也可能发生变化。因此，在处理开荒土地问题时，应密切关注相关政策的变化和调整，确保自己的权益不受影响。

四、法律建议

• 核实土地确权证：首先，应核实土地确权证的真实性和有效性，确保自己是该土地的合法权利人。
• 了解土地性质：其次，应了解开荒土地的性质（国有或集体所有），以便在发生权属争议时能够准确主张自己的权益。
• 遵守法律法规：在使用土地过程中，必须遵守法律法规和相关政策规定，不得随意改变土地用途或进行违法建设等活动。
• 及时咨询专业律师：若遇到土地权属争议或其他法律问题，应及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。

举例说明：假设小张在农村开垦了一块荒地，并办理了土地确权证。后来，小李声称自己是该土地的原开垦者，但未办理任何合法手续。在这种情况下，小张作为土地确权证的登记权利人，对土地享有合法的所有权或使用权。而小李虽然声称自己是原开垦者，但由于未办理合法手续，其主张可能难以得到法律支持。

综上所述，开荒的耕地已经进行过土地确权后，其归属问题需结合土地性质、开荒行为是否合法以及相关政策法规来综合判断。若您在此方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。