先施工后补签协议的行为，在涉及必须招标的工程项目时，违反了《中华人民共和国招标投标法》的相关规定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景与规定
《中华人民共和国招标投标法》的相关规定：
- 根据该法第四十三条，在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判。这意味着，在招标程序完成并确定中标人之前，任何关于施工合同的实质性内容讨论都是违法的。
- 第五十五条进一步规定，依法必须进行招标的项目，招标人违反本法规定，与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判的，将给予警告，并对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。如果这种行为影响了中标结果，那么中标将无效。
先施工后补签协议的法律风险：
- 在未完成招标程序或未签订正式施工合同的情况下先行施工，随后再补签协议，这种做法在涉及必须招标的工程项目时，明显违反了上述法律规定。
- 即使工程项目不属于必须招标的范围，先施工后补签协议也可能引发其他法律问题，如合同效力争议、工程款支付纠纷等。
二、可能的法律后果
合同效力问题：
- 如果先施工后补签的协议违反了法律的强制性规定，那么该协议可能被认定为无效。这将导致双方无法依据该协议主张权利或履行义务。
行政处罚：
- 对于违反招标投标法的行为，相关主管部门有权对招标人进行警告、罚款等行政处罚。同时，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员也可能依法给予处分。
民事责任：
- 如果因先施工后补签协议导致工程款支付纠纷或其他民事争议，双方可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决。在此过程中，违约方可能需要承担赔偿损失等民事责任。
三、建议与措施
遵守法律法规：
- 在进行工程项目时，务必遵守相关法律法规的规定，确保在招标程序完成并签订正式施工合同后再行施工。
完善合同管理：
- 加强合同管理，确保施工合同的签订、履行和变更等环节都符合法律法规的要求。对于需要补签的协议，应确保其内容合法、有效，并尽快完成补签手续。
寻求法律帮助：
- 如果在工程项目过程中遇到法律问题或争议，建议及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼或仲裁等服务，帮助当事人维护合法权益。
如有任何关于建设工程领域的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。