在协议中未明确约定价格是否含税的情况下，通常应推定价格含税。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律推定角度
根据《中华人民共和国价格管理条例》的相关规定，商品价格构成包括生产商品的社会平均成本、税金、利润以及正常的流通费用。在当事人之间未明确约定价格是否含税的情况下，法律推定价格是含税的。这一推定基于商品价格构成的常规理解，即税金是商品价格的一部分，除非双方有特别约定排除税金。
二、合同履行角度
从合同履行的角度来看，如果协议中未明确约定价格是否含税，当一方主张价格不含税时，可能会引发合同履行上的争议。为了避免这种争议，双方在签订协议时应当明确约定价格是否含税，以及税金的承担方式。如果协议中未作约定，根据交易习惯和公平原则，通常应推定价格含税，以确保合同履行的顺利进行。
三、司法实践角度
在司法实践中，法院对于未明确约定价格是否含税的协议，通常会根据相关法律法规和交易习惯进行推定。根据《民法典》及相关司法解释的规定，出卖人应当按照约定或者交易习惯向买受人交付提取标的物单证以外的有关单证和资料，这包括发票等税务凭证。因此，在协议未明确约定价格是否含税的情况下，法院可能会推定价格含税，并支持买受人要求出卖人开具相应发票的诉讼请求。
四、建议与注意事项
明确约定：为了避免争议和纠纷，双方在签订协议时应当明确约定价格是否含税，以及税金的承担方式。这有助于确保合同履行的顺利进行，并减少因价格含税问题引发的法律风险。
审查协议条款：在签订协议前，双方应当仔细审查协议条款，确保所有重要事项都已明确约定。如果发现协议中存在模糊或不明确的地方，应当及时与对方协商并修改协议条款。
保留证据：在协议履行过程中，双方应当保留好相关证据，如发票、付款凭证等。这些证据有助于在发生争议时证明自己的主张，并维护自己的合法权益。
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