结论：工作秘密是否需要使用密件发文单，需结合工作秘密的性质、保密要求及单位内部管理规定综合判断，并非所有工作秘密均强制要求使用密件发文单，但涉及敏感信息或高风险场景时建议使用。以下从法律规范、管理实践及风险防控三个角度展开分析：
1. 法律规范层面：工作秘密的保密要求具有灵活性
根据《中华人民共和国保守国家秘密法》及其实施条例，国家秘密必须通过法定程序（如定密、标密、使用保密载体）进行管理，但工作秘密（即不属于国家秘密但需控制知悉范围的信息）的保密要求由单位自行制定。
- 若单位明确规定：工作秘密中涉及核心业务数据、内部决策信息、未公开的监管内容等敏感信息时，需通过密件发文单（或等效的保密流程）控制流转范围，则必须执行；
- 若单位无强制规定：普通工作秘密（如内部会议纪要、常规工作安排）可通过普通文件流程处理，但需通过其他方式（如权限设置、口头传达）限制知悉范围。
2. 管理实践层面：密件发文单的核心作用是“流程管控”
密件发文单的本质是通过书面流程明确文件密级、知悉范围、传递路径及责任人，其适用场景包括：
- 跨部门/跨单位传递：需记录文件流向，避免信息失控；
- 涉及外部合作方：需明确保密义务，防止信息泄露；
- 高风险信息：如涉及未公开的财务数据、人事调整方案等，需通过密件流程强化管控。
若工作秘密仅在部门内部流转且风险较低，可通过口头叮嘱、电子文档权限设置等替代方式管理，无需强制使用密件发文单。
3. 风险防控层面：未使用密件发文单的潜在责任
若单位未通过密件发文单管理工作秘密，但已采取其他合理保密措施（如加密存储、权限控制），一般不构成违法；但若因管理疏漏导致信息泄露，可能面临以下风险：
- 行政责任：单位可能被监管部门责令整改；
- 民事赔偿：若泄露造成第三方损失，需承担侵权责任；
- 刑事责任：若工作秘密被认定为“情节严重”的泄露行为（如涉及国家安全关联信息），可能触犯《刑法》第253条之一（侵犯公民个人信息罪）或第398条（故意或过失泄露国家秘密罪）的边缘情形（需结合具体信息性质判断）。
建议
- 优先遵循单位内部规定：若单位已制定工作秘密管理制度，应严格执行；
- 评估信息敏感度：对高风险信息主动采用密件流程，降低泄露风险；
- 完善替代措施：若不使用密件发文单，需通过加密、权限分级、签署保密协议等方式补足管控。
如有具体场景（如涉及政府文件、企业核心数据等），可进一步提供细节，我将结合案例分析合规要点。