结论前置：若公司存在与夫妻财产混同的情况，可通过明确诉讼请求、收集证据、确定被告、选择管辖法院等步骤来起诉并申请审计，以下为你详细介绍。

1. 明确诉讼请求
   • 首先要确定自己起诉想要达到的目的。比如，如果是债权人，可能希望确认公司债务为夫妻共同债务，要求夫妻双方共同偿还；如果是股东或其他利益相关者，可能希望厘清公司财产与夫妻财产的界限，恢复公司财产的独立性等。明确诉讼请求是起诉的基础，它决定了后续整个诉讼的方向和重点。
2. 收集证据
   • 证明财产混同的证据：这是关键证据。例如，公司的银行流水与夫妻个人银行流水存在频繁、无合理商业理由的资金往来记录，像公司资金直接转入夫妻个人账户用于个人消费，或者夫妻个人资金频繁注入公司但未按照正常股权投资程序进行等；公司的财务账目中，将夫妻个人生活费用列入公司成本支出，如家庭旅游费用、子女教育费用等在公司账目中报销；公司的资产与夫妻个人资产混同，如公司名下的房产实际为夫妻共同居住使用，且无合法租赁等协议说明等情况。
   • 证明夫妻关系的证据：如结婚证，这是证明夫妻身份关系最直接的证据。
   • 其他相关证据：如公司的工商登记资料，了解公司的股东结构、注册资本等情况，有助于分析夫妻在公司中的地位和可能存在的财产混同关联；与公司业务相关的合同、发票等，若这些资料显示公司的业务运营与夫妻个人财产存在不合理的关联，也可作为证据。
3. 确定被告
   • 根据不同的诉求，被告可能不同。如果以公司债务由夫妻共同承担为由起诉，被告一般为夫妻双方以及公司；如果主要是针对公司财产与夫妻财产混同，要求恢复财产独立性等，被告可能是公司以及涉及财产混同的夫妻一方或双方。需要综合考虑各种因素，准确确定被告，以确保诉讼的有效性和针对性。
4. 撰写起诉状
   • 起诉状应包含原告和被告的基本信息，包括姓名、性别、年龄、住址、联系方式等；明确的诉讼请求，如要求确认某笔债务为夫妻共同债务并共同偿还，或者要求对公司财产与夫妻财产进行审计并厘清界限等；事实与理由部分，要详细阐述发现公司财产与夫妻财产混同的具体情况，包括时间、地点、涉及的资金或资产情况等，以及依据相关法律法规认为应当如何处理的内容。
5. 选择管辖法院
   • 一般情况下，根据民事诉讼法的规定，因公司纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民法院管辖；如果是涉及夫妻债务等与身份关系相关的部分，也可能涉及被告住所地法院管辖。需要结合具体案件情况，确定合适的管辖法院。
6. 向法院提交起诉状及相关证据，申请审计
   • 将撰写好的起诉状以及收集整理好的证据一并提交给有管辖权的法院。同时，在起诉时或诉讼过程中，可以向法院提出审计申请，说明审计的必要性和目的，如通过审计准确查明公司财产与夫妻财产的混同情况，为案件的公正判决提供依据。法院会根据具体情况决定是否准许审计申请。如果准许，会指定相应的审计机构进行审计。

在整个过程中，要注意诉讼时效等问题，不同类型的纠纷诉讼时效可能不同，一般民事纠纷的诉讼时效为三年，从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，随时都可以向我咨询。