结论：您已还清工人工资但对方未撤诉的情况下，法院是否会撤诉取决于案件所处的程序阶段及双方是否达成和解。若案件已进入诉讼程序，您需与工人达成和解协议后向法院申请撤诉，法院将根据具体情况裁定是否准许。
具体分析：
案件程序阶段的影响：
- 劳动监察阶段：若案件最初由劳动监察部门介入，且您在调查期间已还清工资，您应向劳动监察部门说明情况。经审查确认欠薪问题已解决后，劳动监察部门会撤销案件。但此情况不适用于已进入诉讼程序的案件。
- 诉讼阶段：若案件已进入法院诉讼程序，即使您已还清工资，法院也不会自动撤诉。此时，您需与工人达成和解协议，并共同向法院申请撤诉。
和解与撤诉申请：
- 达成和解协议：您应与工人协商，就工资支付、撤诉等事项达成书面和解协议。和解协议应明确双方的权利义务，以及撤诉的具体条件和程序。
- 向法院申请撤诉：在达成和解协议后，您或工人（或双方共同）需向法院提交撤诉申请。撤诉申请应说明撤诉的理由和依据，并附上和解协议作为证据。
法院的裁定：
- 裁定标准：法院在收到撤诉申请后，会审查和解协议的真实性、合法性以及是否损害国家、集体和他人合法权益。若法院认为撤诉申请符合法律规定，且不损害他人利益，通常会准许撤诉。
- 裁定结果：若法院准许撤诉，案件将终结，您不再承担诉讼责任。若法院不准许撤诉，案件将继续审理，您需按照法院的判决履行义务。
法律建议：
- 及时沟通：您应尽快与工人取得联系，就工资支付和撤诉事宜进行协商。通过友好沟通，达成和解协议，为撤诉创造条件。
- 准备证据：在协商过程中，您应保留好工资支付的凭证、和解协议等证据材料。这些证据将在向法院申请撤诉时发挥重要作用。
- 遵循法律程序：在申请撤诉时，您应严格按照法律程序进行操作。确保撤诉申请的合法性和有效性，避免因程序瑕疵导致撤诉失败。
可能后果：
- 若撤诉成功：案件将终结，您不再承担诉讼责任，也不会面临进一步的法律后果。
- 若撤诉失败：案件将继续审理，法院将根据事实和法律规定作出判决。若判决您承担支付工资等责任，您需按照判决履行义务。否则，可能面临强制执行等法律后果。