针对您提出的“包干合同工程结算时漏项部分怎么办”的问题，这是一个涉及工程结算法律实务的复杂问题，我将结合相关法律法规和司法实践，为您详细解答。

一、竣工结算的概念与效力

首先，我们需要明确竣工结算的概念。根据《2013工程量清单计价规范》(GB50500-2013)的规定，竣工结算价是发承包双方依据国家有关法律、法规和标准规定，按照合同约定确定的，包括在履行合同过程中按合同约定进行的合同价款调整，是承包人按合同约定完成了全部承包工作后，发包人应付给承包人的合同总金额。这意味着，竣工结算不仅包含了工程造价的结算，还包含了对违约金等索赔事项的结算，具有合同清结的效力。

二、漏项部分的处理原则

1. 合同约定优先：

   • 如果包干合同中明确约定了漏项部分的处理方式，如“漏项部分按实际发生额结算”或“漏项部分不予调整”等，那么应严格按照合同约定执行。

2. 协商解决：

   • 如果合同未对漏项部分作出明确约定，双方可以自愿协商解决。协商时，可以参考当地工程造价主管部门颁布的计价办法以及信息价进行造价计算，以达成公平合理的解决方案。

3. 司法途径：

   • 如果双方协商不成，且漏项部分金额较大，对双方利益产生重大影响，那么可以通过诉讼途径解决。但需要注意的是，根据司法审判实践，如果竣工结算协议已经达成且未明确注明未结算事项，那么一方当事人在完成工程价款结算后又以对方之前存在违约行为提出索赔主张，依法可能不予支持。因此，在提起诉讼前，应充分评估证据和法律风险。

三、具体操作建议

1. 审查合同条款：

   • 首先，仔细审查包干合同的条款，特别是关于工程结算、漏项处理、索赔等方面的约定。

2. 收集证据：

   • 如果发现漏项部分，应及时收集相关证据，如施工图纸、变更通知、现场签证等，以证明漏项部分的存在和金额。

3. 与对方协商：

   • 在收集证据的基础上，与对方进行友好协商，寻求达成公平合理的解决方案。

4. 寻求专业帮助：

   • 如果协商不成或法律关系复杂，建议寻求专业律师或工程造价咨询机构的帮助，以维护自身合法权益。

四、法律依据

• 《建筑法》第十八条：建筑工程造价应当按照国家有关规定，由发包单位与承包单位在合同中约定。
• 《民法典》第五百一十三条：执行政府定价或者政府指导价的，在合同约定的交付期限内政府价格调整时，按照交付时的价格计价。
• 《2013工程量清单计价规范》(GB50500-2013)第2.0.44条、第2.0.51条、第9.13.6条等关于工程结算和竣工结算价的规定。

综上所述，包干合同工程结算时漏项部分的处理应遵循合同约定优先、协商解决、司法途径等原则。在具体操作中，应仔细审查合同条款、收集证据、与对方协商，并在必要时寻求专业帮助。希望这些建议能对您有所帮助。