绩效工资在核算加班费基数时是否计入，需根据其性质及与劳动者正常工作时间劳动报酬的关联程度来决定。以下是对此问题的详细分析：
一、包含绩效工资的情况
绩效工资作为正常工作时间的固定组成部分：
- 如果绩效工资是劳动者正常工作时间的固定组成部分，如每月相对稳定发放的、与日常工作表现直接挂钩的绩效工资，那么这部分绩效工资应计入加班费基数。因为这部分绩效工资实际上是劳动者正常工作收入的一部分，反映了其在法定工作时间内的劳动价值。
劳动合同明确约定：
- 若劳动合同明确约定绩效工资属于工资的组成部分，并明确了计算方式和发放标准，那么在计算加班费时，也应将绩效工资包含在内。这体现了劳动合同对双方权利义务的约束和保障。
二、不包含绩效工资的情况
绩效工资属于特殊奖励性质：
- 如果绩效工资属于特殊奖励性质，如年度绩效奖金、因完成特定重大项目而发放的一次性绩效奖励等，这类绩效工资通常不计入加班费基数。因为它们不具有稳定性和常规性，不是劳动者在正常工作时间内付出劳动所应得的固定报酬。
绩效工资与正常工作时间劳动报酬无直接紧密联系：
- 若绩效工资是根据企业经济效益等不确定因素发放，且劳动者事先无法准确预知具体金额，同时与劳动者正常工作时间内的劳动付出没有直接紧密联系，一般也不计入加班费基数。这是为了保持加班费计算的公平性和合理性。
三、实践操作建议
- 用人单位应明确绩效工资的计算办法和发放标准：并在劳动合同中予以明确约定，以避免因绩效工资问题引发的加班费争议。
- 劳动者在签订劳动合同时：应仔细审查关于绩效工资的条款，确保自己的合法权益得到保障。
- 如对于加班费工资基数的确定存在争议：劳动者首先应与用人单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某员工的月工资由基本工资3000元和绩效工资2000元组成，且绩效工资是每月相对稳定发放的。那么，在计算该员工的加班费时，应以5000元（基本工资+绩效工资）作为加班费基数。反之，如果绩效工资是年度发放的，且与员工当年的工作表现直接相关，那么这部分绩效工资通常不计入加班费基数。
综上所述，绩效工资在核算加班费基数时的处理需根据具体情况而定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。