针对您提出的“违规收费二年怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律责任和行政处罚的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，违规收费的处理并不受时间限制，即使违规行为已经发生两年，相关部门仍有权进行调查和处罚。处罚的具体形式和程度，会依据违规收费的性质、情节、金额大小、采用的手段以及造成的影响等多方面因素来综合判定。
一、行政违规收费的处理
责令退还费用：对于行政违规收费，相关部门通常会责令收费主体退还已收取的费用。如果费用无法退还，则应上缴国库。
警告与罚款：同时，相关部门会对收费主体给予警告，并处以一定数额的罚款。罚款的金额会根据违规情节的严重程度来决定。
没收违法所得：对于通过违规收费获得的非法利益，相关部门有权予以没收。
停止执业或吊销许可证：在情节严重的情况下，相关部门可能会责令收费主体停止执业，或者吊销其相关许可证。
二、民事交易中违规收费的处理
协商返还：如果是民事交易中的违规收费，权益受损方有权要求收费方返还该费用。双方可以先尝试通过协商来解决。
提起民事诉讼：如果协商不成，受损方可以通过向法院提起民事诉讼来维护自身权益，要求对方返还不当得利，并可主张赔偿因此遭受的损失。
三、刑事责任的追究
如果违规收费行为构成犯罪，如商业贿赂等，那么相关责任人可能会面临刑事处罚。例如，公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，可能会构成非国家工作人员受贿罪，面临相应的刑罚。
四、处理过程中的注意事项
收集证据：在处理违规收费问题时，要注意收集和保留好收费凭证、沟通记录等相关证据，以便在需要时提供证明。
及时咨询专业人士：由于违规收费问题的处理涉及法律责任和行政处罚，建议及时咨询专业律师或相关机构，以获取更准确和专业的建议。
综上所述，违规收费二年的处理并不受时间限制，相关部门会根据违规情节的严重程度来判定处罚形式和程度。因此，如果您或您所在的组织存在违规收费行为，建议尽快采取措施进行整改，并主动与相关部门沟通，以减轻可能的处罚。