公务员参股被发现后，本金通常需要退出，但具体处理方式还需依据公务员管理规定及参股行为的性质、后果等因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：

一、公务员参股的违规性

根据《中华人民共和国公务员法》及相关规定，公务员不得违反有关规定从事或者参与营利性活动，在企业或者其他营利性组织中兼任职务。公务员参股，尤其是参股与本职工作相关联的企业或行业，很可能构成违规行为。这种违规行为不仅违反了公务员的职业操守，也可能损害公共利益和政府形象。

二、本金退出的必要性

1. 合规性要求：一旦公务员参股行为被发现并认定为违规，为了恢复合规状态，公务员通常需要退出参股，包括退还本金。这是遵守公务员管理规定、维护公务员队伍纯洁性的必要措施。

2. 避免进一步法律后果：如果公务员不及时退出参股，可能会面临更严重的法律后果，如纪律处分、行政处罚甚至刑事责任。及时退出参股并退还本金，可以在一定程度上减轻或避免这些后果。

三、本金退出的具体处理方式

1. 自愿退出：在参股行为被发现后，公务员可以主动选择退出参股，并退还本金。这种方式通常较为顺利，可以避免进一步的法律纠纷。

2. 强制退出：如果公务员拒绝退出参股或未按时退还本金，相关部门可能会采取强制措施，如冻结账户、划扣资金等，以确保本金得到退还。

3. 协商处理：在某些情况下，公务员与参股企业或其他股东之间可能通过协商达成一致，就本金的退还方式、时间等事项进行约定。这种方式需要双方自愿且合法合规。

四、特殊情况下的处理

1. 参股行为未造成严重后果：如果公务员的参股行为并未造成严重的社会影响或经济损失，且公务员能够积极配合调查并主动退出参股，相关部门可能会从轻处理，如给予警告、记过等纪律处分，而不一定要求退还全部本金（但这种情况较为罕见，且需严格符合相关规定）。

2. 参股行为涉及复杂法律关系：如果公务员的参股行为涉及复杂的法律关系或纠纷，如与其他股东之间的股权争议、企业破产清算等，本金的退还可能需要通过法律程序进行解决。在这种情况下，公务员应积极配合法律程序，并寻求专业法律帮助以维护自身权益。

五、法律建议

1. 立即停止违规行为：一旦发现自己的参股行为可能违规，公务员应立即停止该行为，并主动向相关部门报告情况。

2. 积极配合调查：在相关部门进行调查时，公务员应积极配合，提供真实、完整的资料和信息。

3. 寻求专业法律帮助：如果公务员对参股行为的性质、后果或本金的退还方式等存在疑问，应及时寻求专业法律帮助以维护自身权益。