银行工作人员未经过法人同意擅自与法人配偶办理企业贷款不合法。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 企业贷款的法律要求

1. 贷款申请的合法性：根据《中华人民共和国商业银行法》及相关贷款管理规定，企业贷款必须经由企业法人或经其授权的代理人进行申请，并确保贷款用途的合法性和合规性。
2. 法人同意的必要性：企业法人作为企业的法律代表，对企业的财务活动和债务承担法律责任。因此，任何涉及企业贷款的行为，都必须经过法人的明确同意或授权。

二. 银行工作人员的行为分析

1. 擅自办理贷款的违法性：银行工作人员在未经过法人同意的情况下，擅自与法人配偶办理企业贷款，违反了贷款管理的相关规定，也侵害了企业法人的合法权益。
2. 可能构成的法律责任：这种行为可能构成对银行内部规章制度的违反，甚至可能触犯刑法中的相关规定，如滥用职权罪、违法发放贷款罪等。

三. 法人配偶的角色

1. 法人配偶的法律地位：虽然法人配偶可能与企业法人存在亲属关系，但在法律上，他们各自具有独立的法律地位。法人配偶无权代表企业法人进行贷款申请。
2. 贷款合同的有效性：由于贷款申请未经法人同意，因此即使贷款合同上有法人配偶的签字，该合同也可能因缺乏合法的授权而被认定为无效。

综上所述，银行工作人员未经过法人同意擅自与法人配偶办理企业贷款是不合法的。这种行为违反了贷款管理的相关规定，侵害了企业法人的合法权益，并可能构成法律责任。我建议企业法人及时向银行及监管部门反映此情况，以维护自身的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。