指定合作单位在符合法定条件的情况下具有法律效力。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律效力的一般条件
不违反法律法规的强制性规定：指定合作单位的协议或条款，必须遵守国家法律法规，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，如果指定合作单位涉及垄断或不正当竞争，那么该条款可能因违法而无效。
双方真实意思表示：指定合作单位的协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情况。如果一方在签订协议时受到欺诈或胁迫，那么该协议可能因意思表示不真实而被认定无效。
包含基本要素：协议应包含合作双方的基本信息、合作内容、合作期限、权利义务等基本要素。这些要素是协议有效性的基础，缺少任何一项都可能导致协议无效或部分无效。
二、指定合作单位的具体情形
合同中的指定条款：在合同中，双方可以约定指定合作单位作为合同的履行方。这种约定在符合上述法律效力条件的情况下，是具有法律效力的。例如，在建设工程合同中，发包方可以指定具有相应资质的施工单位作为合作单位。
单独的合作协议：除了合同中的指定条款外，双方还可以签订单独的合作协议来指定合作单位。这种协议同样需要满足法律效力的一般条件，才能被认定为有效。
三、可能影响法律效力的因素
欺诈、胁迫：如前所述，如果指定合作单位的协议是在欺诈、胁迫等情况下签订的，那么该协议可能因意思表示不真实而被认定无效。
违反公序良俗：协议内容如果违反公序良俗，如涉及色情、赌博等违法活动，那么该协议同样可能被认定无效。
未履行法定程序：在某些情况下，指定合作单位可能需要履行特定的法定程序，如招标、投标等。如果未履行这些程序，那么指定的合作单位可能因程序违法而无效。
四、法律建议
谨慎签订协议：在签订指定合作单位的协议时，双方应谨慎对待，确保协议内容合法、合规，并符合双方的真实意思表示。
履行法定程序：如果指定合作单位需要履行特定的法定程序，如招标、投标等，那么双方应严格按照法定程序进行操作，以确保协议的合法性和有效性。
及时咨询律师：如果在签订或履行指定合作单位的协议过程中遇到法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
举例说明：假设A公司与B公司签订了一份建设工程合同，并在合同中指定了C公司作为施工单位。如果这份合同符合上述法律效力条件，且C公司具有相应的施工资质，那么这份合同中的指定条款就是具有法律效力的。如果后续在履行过程中出现纠纷，双方可以依据合同条款和法律规定来维护自己的权益。
如果您在指定合作单位方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。