您好，关于市场主体主要经营场所跨区办理注册登记是否违法的问题，这主要取决于当地的政策法规以及您是否遵循了相关的备案或登记程序。

首先，从政策层面来看，现在很多地区都推行了“一照多址”的政策，即企业在其住所以外增设经营场所时，无需另行申请分支机构登记，而是可以通过申请备案增设经营场所的方式来进行。例如，山东省市场监督管理局就印发了相关通知，将企业“一照多址”改革适用范围由县域拓展至同一设区市域。这意味着，在山东省内，如果您的企业需要在住所以外的同一设区市域内的其他县区开展经营活动，您可以通过申请“一照多址”备案来实现，而无需进行额外的注册登记。

另外，上海市也出台了类似的政策，新修订的《上海市优化营商环境条例》中明确规定，本市登记的经营主体可以在登记住所以外开展经营活动，无需向市场监管部门申请办理经营主体登记备案手续（法律、行政法规另有规定的除外）。这进一步简化了企业在跨区经营时的手续和流程。

然而，需要注意的是，虽然很多地区都推行了“一照多址”的政策，但具体的实施细则和要求可能因地区而异。因此，在您实际进行跨区经营时，建议您先了解清楚当地的具体政策法规和要求，确保您的经营活动符合相关规定。

总的来说，市场主体主要经营场所跨区办理注册登记本身并不违法，但关键在于您是否遵循了当地的政策法规和备案或登记程序。如果您能够按照相关规定进行备案或登记，那么您的跨区经营活动就是合法合规的。如果您对此有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地的市场监管部门或相关机构。