按摩店第二天退款了是否会被查，主要取决于是否存在违法行为。以下是对此问题的详细分析：
一. 退款行为本身与调查无关
退款行为的合法性：按摩店提供服务后，如果消费者要求退款，并且双方就退款事宜达成一致，那么这一退款行为本身是合法的。根据《中华人民共和国消费者权益保护法》第五十三条，经营者以预收款方式提供商品或者服务的，未按照约定提供的，应当按照消费者的要求履行约定或者退回预付款。因此，只要退款过程符合法律法规和双方约定，退款行为本身不会引起警方的调查。
退款与违法行为的区分：退款是一种商业行为，而警方调查通常针对的是违法行为。如果按摩店和消费者之间的交易是合法的，那么退款行为就不会成为警方调查的对象。
二. 是否存在违法行为是调查的关键
违法行为的定义：在按摩店消费过程中，如果存在卖淫、嫖娼等违法行为，那么这些行为就可能成为警方调查的对象。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第六十六条，卖淫、嫖娼的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处五千元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。
退款不能掩盖违法行为：即使按摩店在事后进行了退款，也不能掩盖之前可能存在的违法行为。警方在调查过程中，会综合考虑各种证据，如现场勘查、证人证言、视频监控等，来确认是否存在违法行为。
三. 消费记录的作用
消费记录的法律效力：消费记录本身只能证明消费者在按摩店进行了消费，不能直接证明存在违法行为。因此，仅凭消费记录并不能对消费者或按摩店进行处罚。
消费记录与调查的关系：如果警方在调查过程中发现按摩店存在违法行为，消费记录可能作为调查的线索之一。但消费记录并不是决定性的证据，警方需要依据更充分的证据来确认违法行为。
总结：按摩店第二天退款了是否会被查，主要取决于是否存在违法行为。如果按摩店和消费者之间的交易是合法的，那么退款行为就不会引起警方的调查。如果存在违法行为，那么警方可能会根据消费记录等线索进行调查。因此，我建议按摩店和消费者都应当遵守法律法规，远离任何违法行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。