结论：男方在二婚后，可以通过协议的方式将属于自己份额的房产指定由儿子继承，但需满足一定条件且程序合法。

1. 房产性质与继承权基础
   首先需明确房产是否属于男方个人财产。若房产系男方父母遗产，且男方通过法定继承或遗嘱继承取得所有权（无其他共有人或已分割完毕），则男方有权处分自己的份额。若房产为夫妻共同财产（如继承发生在婚后且未约定排除配偶权利），则男方仅能处分自己享有的部分，需配偶书面同意或通过分割财产后处理。

2. 协议效力与形式要求
   男方可通过遗嘱或赠与协议指定儿子为继承人。

   • 遗嘱方式：需符合《民法典》第1134-1139条形式要件（如自书遗嘱需亲笔书写、签名并注明年月日；代书/打印遗嘱需两名无利害关系见证人等）。
     
   • 赠与协议：若选择生前赠与，需签订书面协议并办理房产过户手续，否则可能因未完成物权变动而引发纠纷。
     注：若房产涉及配偶份额，未经配偶同意的处分可能被认定为无效。

3. 二婚对继承的影响
   二婚本身不直接限制男方处分个人财产，但需注意：

   • 若男方与现任配偶签订过夫妻财产约定（如约定房产为个人财产），则需以约定内容为准；
     
   • 若无特别约定，男方继承的房产原则上属于其个人财产，但继承发生在婚姻关系存续期间的，部分法院可能认定为共同财产（需结合具体案情判断）。
     建议：通过遗嘱明确“仅个人份额由儿子继承”，避免歧义。

4. 操作建议

   • 步骤一：确认房产权属（是否为个人财产或需分割）；
     
   • 步骤二：选择处分方式（遗嘱或赠与），并符合形式要件；
     
   • 步骤三：若涉及配偶份额，需配偶签署《放弃继承权声明书》或通过离婚协议分割；
     
   • 步骤四：办理公证或律师见证，增强协议效力。
     

风险提示：若程序存在瑕疵（如遗嘱形式违法、侵犯配偶权利），可能导致协议无效或部分无效。建议操作前委托律师审核协议内容及流程。

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