明知自己患有艾滋病仍卖淫，被抓后是会有案底的。以下从不同角度为你详细分析：

法律定性角度

• 卖淫行为本身：卖淫在我国属于违法行为，根据《治安管理处罚法》的相关规定，卖淫、嫖娼的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处五千元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。这一处罚本身就会留下违法记录，也就是通常所说的“案底”，不过这种案底更多体现在治安管理处罚的记录中。
• 明知患艾滋病仍卖淫的特殊情形：如果明知自己患有艾滋病而卖淫，这种行为不仅违反了治安管理规定，还可能涉嫌传播性病罪。根据《刑法》第三百六十条的规定，明知自己患有梅毒、淋病等严重性病卖淫、嫖娼的，处五年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。一旦因传播性病罪被定罪处罚，就会留下刑事案底，这比单纯的治安违法记录更为严重，对个人的影响也更为深远。

案底的影响角度

• 对个人生活的影响：无论是治安违法记录还是刑事案底，都会对个人的生活产生一定影响。比如，在求职时，一些单位可能会对有违法犯罪记录的人员持谨慎态度；在申请某些证件或参与某些活动时，也可能因为案底而受到限制。
• 对子女的影响：刑事案底还可能对子女的未来产生一定影响。比如，在子女报考公务员、参军等需要政审的环节，父母的刑事案底可能会成为子女政审不通过的原因之一。

法律建议角度

• 遵守法律法规：首先，要严格遵守国家的法律法规，不要从事任何违法犯罪活动，包括卖淫等违法行为。
• 及时治疗疾病：如果患有艾滋病等严重性病，要及时就医治疗，控制病情发展，避免将疾病传播给他人。
• 积极配合调查：如果不幸被卷入相关案件中，要积极配合公安机关的调查工作，如实陈述事实，争取从轻或减轻处罚。

案例参考：在实际案例中，不乏因明知患艾滋病仍卖淫而被追究刑事责任的例子。这些案例都表明，法律对这类行为是零容忍的，一旦触犯法律，必将受到严厉的惩罚。

因此，明知自己患有艾滋病仍卖淫，不仅违反了治安管理规定，还可能涉嫌犯罪，被抓后是会有案底的。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。