结论：信用卡还款第二天被扣违约金，是否合理及能否协商退回，需结合信用卡合同条款、银行政策及具体还款情况来判断。以下从不同角度为您详细分析。
一、违约金扣款的合理性分析
合同条款依据：
- 信用卡合同中通常会明确约定还款期限、逾期还款的违约责任及违约金计算方式。若您未在还款日前足额还款，银行有权依据合同条款扣收违约金。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，若您逾期还款，银行扣收违约金具有合同及法律依据。
扣款时间的合理性：
- 信用卡还款日后的第二天扣款，若合同中有明确约定且该约定不违反法律法规，则银行行为合理。但若合同未明确约定扣款时间，或约定存在歧义，您可与银行协商或寻求法律救济。
二、协商退回违约金的可能性及操作
协商基础：
- 尽管银行有权扣收违约金，但您仍可尝试与银行协商，寻求减免或退回部分违约金。协商时，可强调您的还款意愿、实际困难及过往良好信用记录。
协商内容：
- 您可以提出延期还款、分期还款、减免部分违约金等请求。若银行同意，双方应签订书面协议，明确新的还款计划及违约金处理方式。
协商操作步骤：
- 联系银行：主动致电银行客服或前往银行网点，说明情况并提出协商请求。
- 提供证据：如收入证明、医疗证明等，以证明您确实存在还款困难。
- 等待回复：银行在收到您的协商请求后，会进行内部审核，并根据您的实际情况和银行政策作出回复。
- 签订协议：若银行同意协商，双方应签订书面协议，明确退款金额、时间及新的还款计划。
三、法律救济途径
投诉渠道：
- 若您认为银行扣收违约金的行为违反合同约定或法律法规，可向银行监管部门（如银保监会）投诉，寻求行政救济。
诉讼途径：
- 若协商及投诉均无果，您可考虑通过诉讼途径解决争议。诉讼时，需准备充分证据，如信用卡合同、还款记录、银行扣款通知等，以证明银行行为的不当性。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，您有权向人民法院提起诉讼，要求银行返还不当扣收的违约金。
四、建议与风险提示
及时沟通：
- 发现被扣违约金后，应尽快与银行沟通，了解扣款原因及合同依据，避免因拖延导致问题复杂化。
保留证据：
- 保留所有与信用卡还款、违约金扣收相关的证据，如还款记录、银行通知、沟通记录等，以备不时之需。
谨慎协商：
- 协商时，应确保协议内容明确、具体，避免口头约定或模糊表述导致后续争议。
法律意识：
- 增强法律意识，了解信用卡合同条款及法律法规，避免因无知导致不必要的损失。
总结：信用卡还款第二天被扣违约金，是否合理及能否协商退回，需结合具体情况判断。建议您首先与银行沟通，了解扣款原因及合同依据；若认为银行行为不当，可尝试协商或寻求法律救济。如有进一步疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。