结论：在书店买书付款了没扣钱，这一行为本身并不直接构成违法，但可能涉及合同履行和民事责任的问题，具体需根据实际情况判断。
一、合同关系角度
从合同法的角度来看，当你在书店选购书籍并决定购买时，你与书店之间就形成了一个买卖合同关系。你作为买方，有义务支付书籍的价款；书店作为卖方，有义务交付书籍。如果付款时系统未扣款，但你已经完成了付款操作（如扫码、刷卡等），这可能属于技术故障或操作失误。在此情况下，你并未故意违反合同义务，因此不构成违法。
然而，如果书店已经交付了书籍，而你因系统未扣款而未实际支付价款，且事后也未进行补付，那么你就可能构成了对书店的违约。书店有权要求你支付价款，并可能因你的违约行为而遭受损失，如利息损失、追讨成本等。在这种情况下，虽然不直接构成刑事违法，但你可能需要承担民事责任，如支付价款、赔偿损失等。
二、民事责任角度
从民事责任的角度来看，如果因系统未扣款导致你未支付价款，且书店因此遭受了损失，书店有权要求你承担相应的民事责任。这通常包括支付未付的价款、赔偿因违约造成的损失（如利息、追讨成本等）以及可能的违约金（如果合同中有约定）。
三、实际操作建议
及时沟通：如果你发现付款时系统未扣款，应立即与书店工作人员沟通，说明情况并协商解决方案。这可以避免因误解或拖延而导致的纠纷。
保留证据：无论是否成功扣款，都应保留好相关的付款凭证（如扫码记录、刷卡小票等）。这些证据在后续可能出现的纠纷中至关重要。
履行义务：如果确实因系统故障或操作失误导致未扣款，你应主动履行付款义务，避免给书店造成不必要的损失。
寻求法律帮助：如果与书店沟通无果，或书店提出了不合理的赔偿要求，你可以寻求法律帮助，通过法律途径解决纠纷。
总结：在书店买书付款了没扣钱，这一行为本身并不直接构成违法。但可能涉及合同履行和民事责任的问题。建议你及时与书店沟通、保留证据、履行义务，并在必要时寻求法律帮助。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。