针对您提出的“合同诈骗员工提供重要证据怎么处理”这一问题，我会从法律程序、员工责任以及公司应对措施三个方面进行详细解答。
一、法律程序层面
报案与侦查：
- 若员工提供的证据显示合同诈骗情节严重，构成犯罪，公司应立即向公安机关报案。
- 公安机关在接到报案后，会开展侦查工作，包括收集证据、询问相关人员等，以查证诈骗事实是否属实。
起诉与审判：
- 若公安机关侦查后确认诈骗事实存在，且情节严重，会将案件移交检察院审查起诉。
- 检察院在审查后，若认为符合起诉条件，会向法院提起公诉。
- 最终，法院会根据犯罪情节进行量刑审判，确定犯罪嫌疑人的刑事责任。
二、员工责任层面
不知情员工：
- 若员工对合同诈骗行为完全不知情，既没有参与诈骗的主观故意，也未实施相关诈骗行为，那么该员工不应承担刑事责任。
- 在这种情况下，员工提供的证据可能作为揭露诈骗行为的关键线索，有助于公安机关的侦查工作。
知情并参与员工：
- 若员工明知公司在实施合同诈骗，还积极参与或提供协助（如伪造合同、提供虚假信息等），则可能构成共同犯罪。
- 对于这类员工，根据其在犯罪中的作用和情节，可能会被定罪量刑，承担相应的刑事责任。
- 员工提供的证据，若涉及自身参与诈骗的行为，可能会作为自证其罪的证据，但在法律程序中，员工仍有权进行辩护和陈述。
从犯与主犯：
- 在合同诈骗案中，员工可能扮演主犯或从犯的角色。主犯是直接实施诈骗行为的主要责任人，而从犯则是在犯罪中起次要或辅助作用的人员。
- 对于从犯，根据其具体作用，法院可能会从轻、减轻处罚或者免除处罚。
三、公司应对措施层面
内部处分：
- 若员工提供的证据显示其诈骗情节较轻，不构成犯罪，公司可依据内部规章制度对其进行处分，如警告、降职、辞退等。
- 处分决定应基于充分的证据和合理的判断，确保公正性和合法性。
民事诉讼索赔：
- 若公司因员工合同诈骗行为遭受损失，可通过民事诉讼要求其赔偿经济损失。
- 在提起民事诉讼时，公司需提供合同、诈骗行为证据及损失计算依据等材料来维护自身权益。
配合调查与整改：
- 公司应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和支持。
- 同时，公司应深入分析合同诈骗行为发生的原因和漏洞，采取有效措施进行整改和防范，避免类似事件再次发生。
综上所述，对于合同诈骗员工提供重要证据的处理，应依据法律程序、员工责任以及公司应对措施三个方面进行综合考虑。公司应依法报案、配合调查，并根据员工的具体行为和所起作用进行相应的处理。同时，公司也应加强内部管理，防范合同诈骗行为的发生。