若案件最终被撤销且未进入审判阶段，已缴纳的罚款原则上可以申请退还，但需结合具体程序和法律依据进行判断。以下从不同角度展开分析：

1. 罚款的性质与程序依据

• 检察院提出的“罚款”可能涉及两种性质：
  • 刑事诉讼中的罚金：若案件属于刑事案件，罚金是刑罚的一种，需经法院判决后生效。若案件在审查起诉阶段被撤销（如证据不足、不构成犯罪等），法院未作出判决，则罚金未生效，已缴纳的款项应退还。
  • 行政处罚中的罚款：若案件涉及行政违法（如治安处罚），罚款由行政机关作出。若行政处罚决定被撤销（如程序违法、事实不清），已缴纳的罚款可依据《行政处罚法》第72条申请退还。

2. 案件撤销的具体情形

• 检察院撤销案件：根据《刑事诉讼法》第177条，检察院可作出不起诉决定（如法定不起诉、酌定不起诉）。若案件未进入审判阶段，法院未收取罚金，则无需退还；但若检察院在审查起诉阶段要求缴纳“保证金”或“暂扣款”，案件撤销后应退还。
• 法院裁定终止审理：若案件已进入审判阶段但因故终止（如被告人死亡、证据不足），已缴纳的罚金需通过法院退还程序处理。

3. 退还的法律依据与流程

• 刑事案件：若罚金未生效，可向检察院或法院提出书面申请，要求退还已缴纳款项。需提供缴费凭证、案件撤销决定书等材料。
• 行政案件：依据《行政处罚法》第72条，行政机关违法收取罚款的，当事人有权要求退还。可向作出处罚的机关申请复议，或直接提起行政诉讼。

4. 实务中的注意事项

• 时效性：退还申请需在案件撤销后尽快提出，避免因机构内部流程延误。
• 证据保留：务必保存缴费凭证、案件撤销文书等材料，作为退还依据。
• 协商与诉讼：若机构拒绝退还，可通过协商、行政复议或行政诉讼途径解决。

建议：若您已缴纳罚款且案件被撤销，可先向作出罚款决定的机关（检察院或行政机关）提交书面退还申请，并附上相关证明材料。如遇拒绝，可进一步通过法律程序维权。如有具体细节需进一步分析，可直接向我咨询。