公诉案件与被害人提起的自诉案件，在一般情况下不能合并审理，但存在例外情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况：不能合并审理
性质不同：
- 公诉案件由检察院代表国家提起诉讼，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
- 自诉案件则由被害人或其法定代理人等直接向法院提起诉讼，要求追究被告人的刑事责任。
程序差异：
- 公诉案件适用较为严格的侦查、审查起诉等程序。
- 自诉案件的程序则相对灵活，主要由被害人自行收集证据并提起诉讼。
证明责任与标准：
- 公诉案件中，检察院承担主要的证明责任，需要证明犯罪嫌疑人有罪且应受刑罚处罚。
- 自诉案件中，自诉人需承担相应的举证责任，证明被告人有罪。
合并审理的弊端：
- 合并审理可能导致诉讼程序混乱，无法保障各自诉讼权利的充分行使。
- 难以清晰区分两种案件的事实认定和法律适用，进而影响司法公正和效率。
二、例外情况：可以合并审理
尽管公诉案件与自诉案件在一般情况下不能合并审理，但存在以下例外情况：
被害人有证据证明应追究刑事责任，但公检不予追究：
- 当被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任时，被害人可以提起自诉。
- 若在自诉过程中，又发现被告人的行为构成公诉案件犯罪事实的，法院可以分别按照自诉、公诉程序审理。
自诉案件与公诉案件存在关联或牵连：
- 在某些刑事案件中，被害人既提起了自诉，又存在公诉的情形。例如，在故意伤害案件中，被害人既要求追究加害人的刑事责任（公诉），又同时要求赔偿损失（自诉）。
- 此时，为了提高诉讼效率、避免重复诉讼，司法机关可能会决定一并审理。
三、合并审理的注意事项
严格依照法律规定和具体案件事实进行判断与处理：
- 合并审理需要严格遵循法律规定的程序和原则，确保各方当事人的合法权益得到充分保障。
遵循先公诉后自诉的顺序：
- 在一并审理时，应遵循先公诉后自诉的顺序进行审理，以保障当事人在不同程序中的各项权利。
确保证据规则的适用符合各自要求：
- 公诉案件中由检察院承担举证责任，自诉案件则由自诉人举证。一并审理时，需分别审查双方证据，确保证明标准的适用符合各自要求。
总结与建议：
- 在一般情况下，公诉案件与被害人提起的自诉案件不能合并审理。
- 但存在例外情况，如被害人有证据证明应追究刑事责任但公检不予追究，或自诉案件与公诉案件存在关联或牵连时，可以合并审理。
- 合并审理需要严格遵循法律规定的程序和原则，确保各方当事人的合法权益得到充分保障。
如有具体案件或进一步疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。