当未成年人在办理入住时发生可疑情况，旅馆经营者应当遵循公安部提出的“五必须”要求来妥善处理，以确保未成年人的安全和权益。具体来说，处理流程如下：

首先，必须立即查验并登记：旅馆经营者需要查验入住未成年人的身份，并如实登记报送相关信息，这是为了确认未成年人的身份和年龄，确保其符合入住条件。

其次，必须询问并记录：在接待未成年人入住时，旅馆经营者应当询问未成年人父母或者其他监护人的联系方式，并记录备查。同时，如果未成年人与成年人共同入住，还需要询问同住人员的身份关系等情况，并同样记录备查。这一步骤是为了在发生可疑情况时，能够迅速联系到未成年人的监护人。

接着，加强安全巡查和访客管理：旅馆经营者需要加强安全巡查，特别是针对未成年人的房间和活动区域，以预防针对未成年人的不法侵害。同时，要严格管理访客，确保未成年人的安全不受威胁。

当发现可疑情况时，必须立即报告：根据公安部的规定，遇到以下可疑情况应当向公安机关报告：一是成年人携未成年人入住，但不能说明身份关系或身份关系明显不合理的；二是未成年人身体受伤、醉酒、意识不清，疑似存在被殴打、被麻醉、被胁迫等情形的；三是异性未成年人共同入住、未成年人多次入住、与不同人入住，又没有合理解释的；四是其他可疑情况。在报告的同时，旅馆经营者还需要及时联系未成年人的父母或其他监护人，告知他们可疑情况，并采取相应的安全保护措施，如将未成年人转移到安全区域、提供必要的医疗救助等。

最后，配合调查并承担责任：如果旅馆经营者发现违法犯罪嫌疑，除了立即向公安机关报告外，还需要积极配合公安机关的调查工作，提供必要的证据和信息。如果旅馆经营者违反了相关法律法规或“五必须”要求，将可能面临市场监督管理、应急管理、公安等部门的处罚，包括责令限期改正、给予警告、责令停业整顿、吊销营业执照或相关许可证，并处以罚款等。

综上所述，当未成年人在办理入住时发生可疑情况，旅馆经营者应当迅速、准确地按照“五必须”要求进行处理，以确保未成年人的安全和权益不受侵害。同时，也希望未成年人及其监护人、共同入住人、访客等给予更多理解和配合，共同构建关爱、保护未成年人的安全机制。