劳动合同约定3年，但专项培训协议约定5年服务期，这样的约定是否有效，需分情况讨论：

1. 若公司实际提供了专项培训并支付了费用：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。因此，若公司确实为劳动者支付了专项培训费用，并实际开展了专业技术培训，那么专项培训协议中约定的5年服务期是合法有效的。
   • 在此情况下，若劳动者违反服务期约定提前离职，需按照约定向公司支付违约金。违约金的数额不得超过公司提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

2. 若公司未实际提供专项培训或未支付费用：

   • 若公司未能证明实际提供了专项培训，或者根本未支付专项培训费用，那么专项培训协议中关于服务期的约定可能被认定无效。因为服务期的约定必须以公司实际提供专项培训为前提，若公司未履行此义务，则无权要求劳动者承担过长的服务期。
   • 在此情况下，劳动者提前离职无需支付违约金，且公司不得以服务期未满为由阻止劳动者离职或要求其承担其他责任。

法律建议：

• 对于劳动者而言，在签订专项培训协议前，应仔细了解协议内容，特别是关于服务期和违约金的约定。同时，有权要求公司出示专项培训的证明材料，如培训合同、发票等，以确保自己的权益不受侵害。
• 对于公司而言，在签订专项培训协议时，应确保协议内容合法合规，且实际提供了专项培训并支付了费用。否则，可能面临服务期约定无效的风险，以及无法要求劳动者承担违约责任的情况。

可能后果：

• 若服务期约定有效，劳动者违反约定提前离职，需承担支付违约金的法律责任。
• 若服务期约定无效，劳动者提前离职无需支付违约金，且公司不得以此为由阻止劳动者离职或要求其承担其他责任。

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