违反《民用爆炸物品安全管理条例》第四十九条规定的情形，由国防科技工业主管部门、公安机关按照职责进行处罚。具体来说：
处罚主体：
- 国防科技工业主管部门：负责民用爆炸物品行业的管理和监督，对于违反储存管理规定的行为，有权进行处罚。
- 公安机关：负责公共安全的管理，对于涉及民用爆炸物品的违法行为，同样有权进行处罚。
处罚情形：
- 根据《民用爆炸物品安全管理条例》第四十九条，违反规定未按照在专用仓库设置技术防范设施、未按照规定建立出入库检查、登记制度或者收存和发放民用爆炸物品致使账物不符、超量储存或在非专用仓库储存或违反储存标准和规范储存民用爆炸物品、有其他违反民用爆炸物品储存管理规定行为的，都将受到处罚。
处罚措施：
- 责令限期改正：对于违反规定的行为，首先会要求责任方在规定期限内进行改正。
- 罚款：可以并处5万元以上20万元以下的罚款，具体数额根据违法行为的严重程度和后果来确定。
- 责令停产停业整顿：如果逾期不改正，将责令停产停业整顿，以确保公共安全。
- 吊销许可证：对于情节严重的违法行为，将吊销相关许可证，如《民用爆炸物品生产许可证》或《民用爆炸物品销售许可证》。
法律建议：
- 对于涉及民用爆炸物品的企业和个人，应严格遵守《民用爆炸物品安全管理条例》的相关规定，确保民用爆炸物品的安全储存和使用。
- 如果发现自身或他人存在违反规定的行为，应及时向国防科技工业主管部门或公安机关报告，并积极配合调查和处理。
- 在日常运营中，应建立健全的安全管理制度和应急预案，以应对可能发生的突发事件。
可能的法律后果：
- 如果不遵守相关规定，除了面临上述处罚措施外，还可能对公共安全造成严重威胁，导致人员伤亡和财产损失。
- 违法行为还可能影响企业的声誉和信誉，导致客户流失和业务受阻。
因此，务必严格遵守相关法律法规，确保民用爆炸物品的安全管理。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律意见和帮助。